在德普走穴成瘾之前，老友特里-吉列姆抛来橄榄枝，邀他拍摄堂-吉珂德的故事。当然不是直接改编塞万提斯的小说那么简单，按照吉列姆的一贯思维，现代人德普应该穿越时空回到十七世纪，让堂-吉珂德误以为他是老伙计桑丘-潘萨，兴高采烈拉上他一起冒险，由此引发一串啼笑皆非的故事，电影的名字就叫作 《谁杀了堂-吉珂德》。不过令人遗憾的是，一切都和六年前 《神圣的痴迷》 的遭遇如出一辙，拍摄五天就遭遇一系列天灾人祸——天降暴雨，片场一片狼藉，投资方考察后更加失去信心，纷纷撤资，拍摄搁置后，堂-吉珂德的扮演者、法国演员让-罗切福特身患重病。最终，所有的麻烦一起终结了这部电影，德普和凡妮莎的首度携手也随之夭折。事后，凡妮莎伤感地回忆道：“开始我很怕和他演戏，因为他太优秀了，后来我鼓起勇气，想让他为我感到骄傲，没想到结果却是这样。”其实，对于两人来说，机会还有的是，不过带着莉莉-露丝一起出镜的念头倒是彻底打消。而另一边，本来跟着剧组拍摄制作特辑的基斯-富尔顿和路易斯-佩佩哥俩儿见状，赶紧调转方向盘，改而制成一部闹剧式的纪录片 《救命啊！堂-吉珂德》，含蓄地调侃着 《谁杀了堂-吉珂德》 的一切。影片曾于北美正式上映，两位导演表示：“观众们一定会觉得很有趣，不过对于导演来说实在是一场噩梦。”貌似安慰的举动实际上成为这场事件最荒诞的结局。
同年，恺撒奖要表彰罗曼-波兰斯基为艺术做出的突出贡献，合作过 《第九道门》 的德普被邀请出席颁奖典礼，这或多或少冲淡了他失落的情绪。不过后来，德普没能抽出时间赶到现场，只得通过影响表达了德普风格的“祝贺”：“我真的想不通为什么非得评奖，那感觉就像互相残杀一样让我厌恶。我唯一要不断对抗的人就是我自己，每拍一部电影我都要和以前的自己斗争。没有什么所谓的谁比谁更好，我们都是与众不同的。”看似一通牢骚之后迅速变脸，讨好起女友娘家人来：“我很荣幸能够得到法国给我的这份礼物，我爱这个国家，也尊重法国人民，因为你们宽容地接纳我在这里生活。还有陪我一路走来的人，我衷心地感谢你们。”
《谁杀了堂-吉珂德》 为德普留下了一段真空时期。他决定休养生息，和家人一起享受难得的假期，孰料一次意外又让他重登头版头条。当时，德普和凡妮莎刚从伦敦的米拉贝拉餐厅出来，被门外蹲点的记者逮个正着，对着他们猛按快门。这个突如其来的举动瞬间将他激怒，现场陷入一片混乱，警察赶来将他拦下才平息事端。那个记者后来通过媒体“图文并茂”地讲述了事情的经过，说德普威胁他如果不交出底片就杀了他。德普没有做出回应，发言人出面澄清说他遭到警告后已经得到释放。其实，孰是孰非到后来根本不重要，重要的是每个人都会这么想：德普这小子终于还是惹祸了。百口莫辩的德普终于想通，正因为必须要在好莱坞混饭吃，所以更应该让私人生活与它划清界线。于是，对于德普来说，逃离好莱坞，即逃离公众视线就成为他梦寐以求而且为之奋斗的最大目标。
因 《浓情巧克力》 当上大众情人之后，德普又接下 《美国毒枭》，一部看上去很有品位的电影。影片以同名小说为蓝本，为美国历史上最臭名昭著的毒枭乔治-荣格著影立传。此人靠从哥伦比亚偷运可卡因进美国境内发家，七十年代时掌控美国毒品市场85%的流通渠道，是让可卡因流行美国的关键人物。《美国毒枭》 充满野心地想在他和家人的复杂关系上大做文章，所以导演泰德-戴米提出需要一个既有演技，又对钻研人性阴暗面情有独钟的明星——这样一个问题，如果你在好莱坞随便逮住一个人问他（她），得到的回答一定是：“约翰尼-德普。”
谁都知道，这部影片成功与否全在德普。为了更贴近角色，德普亲自跑到联邦监狱探视乔治（至今仍在坐牢，刑期持续到2015年，其间不得假释），和他交谈，近距离地观察他的一切。当时，德普把剧本的描写和自己的理解详细解释给他听，得到的回应就是“是的，我就是这么想的”。德普后来在接受采访时表示：“其实他根本没什么特别，不就是为了理想去奋斗嘛！我们在这个年纪的时候，谁不想出去闯闯，多赚点钱，多泡点妞，过逍遥快活的日子！所以，我完全能够理解，为什么到现在为止，他还是不认为自己犯下了滔天大罪，因为他觉得那就是实现目的的一种手段而已，与人无异也无尤。唯一让他觉得后悔的，大概就是家人的愤然离开和被最疼爱的女儿痛恨一辈子。这也是我们的电影要讲述的重点。”角色的心理揣摩足了，外部条件也同时跟进。经过一段时间的强迫性练习，德普从眼神、语气到姿势，甚至是小动作，几乎已经变成人们眼中的那个乔治。“就在一个不可思议的时刻，我开窍了，清楚地察觉到自己已经完全变成另一个人。”德普得意地“炫耀”着自己的成就，搭档佩妮洛普-克鲁兹为此作证：“你们看到的都是他银幕或首映式上的魅力四射，要知道，他拼命钻研的那种劲头才是最吸引人的。在那之前，我还以为这种极品帅哥根本不需要努力工作，只要迷得人招架不住就行了。”
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