光绪元年(1875年)，丁日昌任福州船政大臣，提议派遣铁甲舰远巡外洋宣慰侨胞，保护华侨，“中国洋面延袤最宽，目前大小铁甲船极少须十号，将来自能创造极少须三十号，方敷防守海口以及游历五大洲保护中国人。”第一次到南洋巡历的中国海军军舰是福建船政厂的自造军舰，于1876年底到达新加坡，激起华人社会的热烈反应。1876年以来，清朝北洋舰队先后5次访问南洋华埠，祖国军舰所到之处引起华侨社会的轰动，“海隅百姓，得瞻宗国旌旗，无不欣欣然，额首欢呼，欢声雷动。”
清朝第一次认真从事对华侨的外交保护始于对古巴、秘鲁华工事件的交涉。古巴、秘鲁华侨不断禀告清朝，陈述受虐惨状。1874年，清朝总理各国事务衙门派出陈兰彬、容闳等人往古巴、秘鲁调查华工受虐情事，搜集各种证词、禀诉，再与秘鲁、西班牙政府交涉。在选派交涉代表人选的问题上，李鸿章上奏“丁日昌……熟悉洋务，操纵悉合机宜”且“素为洋人敬服”，极力推荐丁日昌为换约代表。丁日昌于光绪元年七月初七（1875年8月7日）与秘鲁政府代表爱勒莫尔进行交涉，丁日昌照会秘鲁政府，“妥将以前苛待华工弊端，尽行革除，遵照专条及和约办理。严令将华工身家资产，皆得保护，以昭信守。”秘鲁复照说：“查华民在于本国佣工者，本国志在实力保护，不容稍受委曲情事……以期为华工尽除一切弊端，使其皆得安居。”其后，清政府与古巴签订了《古巴华工条款》，与秘鲁政府签订《中秘会议专条》，《中秘通商条约》，在这些条约中，都有专门保护华工的条款，此后古巴、秘鲁的华侨状况有了很大的改善。
在处理古巴事件的过程中，丁日昌对海外侨民的艰苦处境有了更深的了解，他在任福建巡抚期间，上奏“闽、粤两省人多地少，所有无业穷民年来秘鲁、古巴、小吕宋等处贩卖出洋为之佣工，每年何止数万人。惟洋人视华侨如犬马，一入牢笼永沦苦海。大约百人出洋，在途受饥寒委屈而死者约十分之二，到地后被其凌虐摧残而死者又约十分之五，更有受虐不堪相率群投海中，又有自卧车路甘被火轮碾毙；即生者亦复去家数万里，杳无音信，父母妻子只能于梦寐见之。言者伤心，闻者下泪”，对流寓海外的侨工、侨商，他关注的情怀跃然纸上，与之相适应的是他积极采取对策，一方面严厉打击拐骗活动，建议清政府禁止外人在沿海各地设招工局（俗名“猪仔馆”），要求地方督抚同官绅按照条约，妥拟杜弊章程，严禁诱骗华工出国。另一方面，他也认识到土地和人口矛盾日益尖锐，中国人向海外移民已形成不可抗拒的历史潮流，对已出洋之华民，只能采取措施，予以保护。鉴于海外华人虽倍受压迫，却投诉无门的状况，丁日昌提出了在通商口岸设立“新闻纸馆”，“外出商人出面，而密派妥员总司其事，……中国人而被外国人欺凌者，皆可写入新闻纸，布告各国，咸使闻知，使归曲于彼。”动员社会舆论，披露华侨疾苦。
丁日昌的护侨思想可以说是19世纪下半叶海外华侨社会形成和发展的客观反映，华侨社会自身经济力量的壮大以及向祖国请求保护的呼声，渐渐引起了清政府朝野内外有识之土的重视。他们开始呼吁朝廷，联络保护华侨、利用侨资振兴国家，丁日昌就是其中的杰出代表。清政府对海外华侨的政策，开始由放任自流转变为保护和管理。在这一变化过程中，丁日昌作为中国设领护侨的先行者，可以说起了至关重要的推动作用。
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