法军又驻泊了一夜，实在拿炮台没有办法，又担心被封死在港内，只能退向外海闽江口。清军沿江自东而西，依次有壶江炮台、黄霞寨炮台、长门山炮台、金牌炮台、闽安炮台、南岸炮台、南般炮台、田螺湾炮台、圆山炮台、琴江炮台、罗星炮台和马限山炮台等十一座炮台，大伙儿可都不准备放过法国人，都想要他们血债血偿。但是这个时候一些不该回来的人回来了，一些不该下达的命令，也又传到了官兵们的头上。
战斗开始后，被吓得神慌意乱晕倒在地，由随从扶起逃命的张佩纶回来了，仓皇逃窜的张兆栋也回来了，一直不见人影的何璟、何如璋也再次在人前闪现。但是这帮大老爷不是回来主持战斗的，他们是勒令各部停火的。在这几位大爷看来，眼下仍要以和局为重，法军已经停止了攻击，清军自然也不能再进攻法军，如此马江血战便可以被淡化成一场小冲突，大家还可以接着议和。
督抚文臣们小嘴吧吧的，一句一句的以大局为重，大伙儿也只能偃旗息鼓。但是法国人也不怎么给文官大老爷们面子，他们虽然驶向了下游想要离开闽江，但却根本没有停火，逐次轰击两岸炮台，甚至连民居都不放过。扼守长门炮台的穆图善，数次要求攻击法舰，可是得到的却是更加奇葩的命令：“法舰未开火进攻，各炮台不得主动攻击法舰！”。法军在闽江里大摇大摆的轰击清军，清军却必须先让法国人动手，这种混蛋命令，足以气死活人。
“将在外君命有所不受！况大帅为福州将军，自理旗下军务，岂可受制于督抚、船政！若非张佩纶之掣肘、何璟之畏葸，孤拔早已葬骨马江矣！”捷胜营统带黄恩录挑头，陆营统领王德胜等一大批旗下将佐找上了穆图善，他们全都不服啊！
“见敌舰即尽力攻击吧！”穆图善想想也是，自己凭什么听这些文官的呢？自己可是旗人，前辈们都是自立门户的，自己怎么就混成了督抚的下属了，为了怄气也得先干了再说。
马江内的孤拔舰队还没开来，外洋接应的法舰检加厘松尼埃号却先找上了门来，意图闯入闽江接应孤拔舰队。忍了许久的六十六岁老将黄恩录不忍了，直接下令开炮。捷胜营哨官李全寿身先士卒，亲自操炮开始向法舰开火。双方激战二十余分钟，捷胜营战死三十余人后，法舰检加厘松尼埃号也扛不住炮火凶猛带伤而走。
当日晚间法军的孤拔舰队便开了过来，派出小艇运送步兵登陆，意欲攻取长门炮台。长门炮台左接琯头，右通焦尾，前控金牌壶江，后枕大坪东岱，五虎排牙，两龟守口，洵为天然保障。法军若想安然的撤出闽江，必须先占领或者迟滞长门炮台，不然他们的归途一定会非常的快乐。
有了黄恩录的先例，大家也就没什么好顾忌的了，福州将军穆图善亲率八旗洋枪队三营和王得胜统领的八旗陆营出战。双方在炮台和舰炮的掩护下，在长门滩头展开了四昼夜的血战，旗营武器落后，训练不足，始终处于下风，李连安、李全寿、杨长坤、张十三等旗下健儿全部殉国。破釜沉舟的穆图善只能在劣势下展开反攻，不想却有意外收获，一举击沉法军乌波船一艘，缴获火炮两门，登陆小艇三艘，将法军全部赶回了海里。不过法军还是硬扛着炮火冲了出去，风一样的退往了定海湾。
此战八旗兵战死一千余人，仅三江口水师旗营便战死一百多人，因此绝嗣近百家。可惜因为种种原因，他们渐渐被遗忘了，人们只记得福建水师的奋战，却忘记了这些一样血洒沙场的八旗健儿，他们其实也是汉人，旗下的汉人。
随着法军的退去，马江海战彻底落下了帷幕，惨败的消息也传回了北京和长春，慈禧和果兴阿几乎同时掀翻了面前的桌子。
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