奕譞把果兴阿劫夺肃顺这个坏消息带回北京之前，皇太后和恭亲王已经忙的脚不沾地了，因为摆在他们面前摆着组成一套新的政府班子这个当务之急。他们得完成对权力的重新分配，并且及时接收八大臣的权力，以免形成权力真空。
顾命八大臣全部去职，军机处原来的五个组成人员中，除了一个文祥外，就有四个在顾命大臣之列，所以作为中央政府的行政中枢，此时的军机处事实上已经瘫痪。当然人事安排的根本原则是早就定了的，那就是这个新政府班子必须是以恭亲王为首的，这也是慈禧太后与恭亲王之间的“交易”所在——恭王既已实现诺言，全力将顾命八大臣以及他们所代表的制度推翻，把两宫太后扶上垂帘听政的宝座。现在“革命成功”了，就该两宫皇太后来兑现自己的承诺了。
因此恭亲王无可争议的成为了新政府的首脑，也就是俗称的“军机领班”。但光是个“军机领班”，也还不足以“酬庸”他的劳绩，于是又想出个名目，那就是“加授议政王”，以示皇太后皇帝对恭亲王的“倚重之深”。
为什么不直接封个“摄政王”呢？因为大清世祖章皇帝顺治即位之初，他的十四叔多尔衮就封的是摄政王，后来还嫌不过瘾，干脆来了个“皇父摄政王”。奕欣没当上摄政王有两个原因，第一个原因正是考虑到多尔衮的前车之鉴，多尔衮虽然权倾一时，是个真正的“无冕之皇”，但其身后的下场却实在不太好。他刚死的时候甚至被追尊为“成宗义皇帝”，可是仅仅一个月后，他就遭到顺治皇帝的彻底“清算”——不但废黜刚给他的皇帝尊号（含庙号、谥号），还被削去原有睿亲王的封爵，甚至黜去爱新觉罗的宗籍，贬为庶人。直到乾隆年间，才被部分“平反”。有这样一个“摄政王”的先例在，恭亲王自己就无论如何不会对“摄政王”三个字感兴趣。还有一个原因，“摄”者“代”也，摄政王就是代行天子之权。如今皇太后既然临朝听政，代行天子之权的自然就是皇太后了，因此恭亲王也只能“议政”，不能摄政。
不过此时两宫皇太后、尤其是慈禧太后，对朝廷的人事并不熟悉，几乎就是“睁眼瞎”，想插手也无从下手。满朝文武谁的资历背景怎样，谁的德行才能怎样，她都不了解。内阁奉上谕所宣布的这个军机处新班子组成名单，完全是由恭亲王一手拟定的。分别是加授议政王在军机处行走，和硕恭亲王奕訢、太子太保文华殿大学士桂良、户部尚书沈兆霖、户部右侍郎宝鋆、户部左侍郎文祥、鸿胪寺少卿曹毓瑛，一直蹦达的很欢实的周祖培，因为根本不是奕欣的人马，被排除在了名单之外。
慈禧太后对这个名单很不满意，不过也是没有办法，总不能把肃顺再弄回来。因为这六个人中，把恭亲王除外，起码有四个人一眼就能看出与恭王的密切关系。首先打头一个的文华殿大学士桂良，他就是恭亲王的老丈人。唯一一个由“旧班子”留任的文祥，则跟桂良同旗同族。文祥虽然也是旗人中极其少见的能员，但此时受到重用，却一定是出于桂良的引荐无疑，而且对付果兴阿的主意都是他出的，明显早就和恭亲王有默契。再一个宝鋆，这个人好像没什么本事，但他跟恭王的私交非常的好，好到可以在大庭广众之下随便开玩笑的地步。至于曹毓瑛，还在承德当军机章京的时候，就与恭王有机密书信往来，为政变的成功立下汗马功劳，明显是奕欣安排在军机处的卧底。此时恭王论功行赏，就让他取代原来“肃党”的焦佑瀛，成了“打帘子军机”。最后就剩下一个沈兆霖，身份还算是比较“中立”的，不过背地里是不是奕欣的人也很不好说。
奕譞把果兴阿搀和进来的消息带回了北京之后，两宫和奕欣还真慌乱了一阵，但也很快稳了下来。等慈禧和奕欣对如何应该果兴阿已经有了成算，立即便以迅雷不及掩耳之势，开始了对七个“阶下囚”和一个在逃犯的彻底清算，一点也不拖泥带水。咸丰十一年十月初二日，肃顺还和果兴阿在河西务矫情的时候，慈禧和奕欣便谕令热河都统春佑，将肃顺在热河的财产“密速查抄”，“毋令稍有隐匿”，同时再传谕将肃顺“在京家产，著即派西拉布前往查抄，毋令稍有隐匿”，这还只是第一步。
第二天，就由内阁牵头，恭亲王亲自主持，召集六部、九卿、翰、詹、科、道，在宗人府开会讨论对顾命八臣的处置。载垣、端华、肃顺三人都系爱新觉罗家族的近支亲贵，也就是“宗人”，因此，若按律处置，这个会议应该有宗人府官员参加。但载垣被捕前是宗人府“宗令”，也就是皇族的族长，两宫和奕欣为“公正起见”，所以未令宗人府与会。
由于要处置的毕竟是大行咸丰皇帝临终顾命之臣，因此几乎所有当朝重臣都参与了这个“历史性”的会议。惟其如此，定罪和处分也久议不决。主要大概有两种意见：一种意见是主张持重，这部分人中有的是顾及祖制和大行皇帝遗命，因为无论八臣怎么跋扈，到底也是大行皇帝的托孤之臣。如今大行皇帝尸骨未寒，就要杀托孤之臣，不但于心不忍，而且也显得继位的嗣君丝毫不给皇考大行皇帝留余地，不是为继者之道。
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