黄宗羲也心有不甘，上疏皇帝道：来宗道、张瑞图、施凤来等人还在内阁，阉党之人俱在，所以对逆案之人颇多回护，许显纯等人俱是“谋逆”，并且作为魏忠贤的打手，直接执行了迫害活动，所作所为惨无人道，怎么还可以享受“八议”的优待呢？定是现有法司在内阁的干预之下，违心判案。
朱有见顺势提出，由内阁重新提名审判官，经过资政院审查同意之后再组织法庭进行审判。法庭再审之后，将许显纯定为谋逆，改判死罪，又加重了对李实等人的判刑。如此之下，汹涌的舆论方才稍稍平息。
在把许显纯定为“谋逆”罪的理由是称呼魏忠贤为“九千岁”，属于严重的僭越。朱有见一看，这样一定罪，又是牵连甚广的趋势。不过没办法了。因为这确实不违背“罪刑法定”。此次事件之后，以来宗道、张瑞图、施凤来等人为代表的一些原来阿附于魏忠贤的人赶紧辞职回家了。
当然有了这个先例，倒成全了朱有见一直想让“法司”独立于内阁六部的想法。自从银川闹饷，朱有见指示明报在报道时要突出对贪官污吏的公正审判，并在其宣传中突出了一个“巡回法庭”的作用。到资政院召开时，各地实际已经设立了独立的军事法庭了。
所有这些都为朱有见后来提出的一个议案铺平了道路，其内容如下：
把大理寺改为大理院，为最高裁判所；刑部改为法部，掌握狱政、侦缉、提刑等事，惟审理与判决之权归于大理院；在地方省、府、县各设裁判所；地方“三司”中的提刑按察使司，区分提刑与按察功能，保留提刑权，“按察”权归于省级裁判所；府州县的推官、典史等，也重新定义司法职权；把原来设置的军事法庭也并入各地的裁判所；规定了三审定谳（yan4）；规定法官必须经过“明法”科考试方可任职。
元老院开会时，又从大宗正之请，通过了允许朱姓宗室担任法官的议案。朱姓宗室一直被限制为官或经商等，考虑到现下朝廷财政困难，无法再养那么多宗室，必须为其找一个出路，而且由于宗室之人，心思纯正不阿，正好适合当法官。基于这些理由，资政院只好批准。
后来随着独立的裁判所运行良好，根据朱有见这个皇帝的建议，通过了新的议案，允许从中央内阁六部到省级的“三司”再到各府州县的官府，如果对资政院及本级地方议会的决议有异议，可以提交裁判所裁决。裁判所作出的裁决，效力等同于皇帝的裁决。
当然，这都是后话了。
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