但是，帝国政府的各项措施，并没有从根本上消除邪教。在帝国政府打击之下，隐藏得更深，伪装的更好。而一有风吹草动，他们马上死灰复燃。
无论是陕甘宁、晋冀鲁豫这些老解放区，还是中南半岛一带的吴哥省、交趾省，孟加拉省，以及湾湾岛、九州省，邪教分子们均蠢蠢欲动！
邪教危害最严重的地区，莫过于西北各省。
大明朝200年，帝国的西北部地区,一直存在着门宦与帝国政权对立。
门宦是内地宦门门阀一词的延伸，是中国秘密教派的特有组织。它上有教主，道堂，下有各种寺庙，组织非常严密。教主一呼百应，教徒唯命是从。各个门宦之间，各自独立，相互排斥，矛盾和冲突经常发生。
随着明末乱局的产生，帝国西北部一带，秘密教派内部又分裂出四大门宦，这些分裂主义分子，妄图在帝国的陕甘宁一带，建立政教合一的国家。
华夏帝国建立之后，周垣为了维护国家的统一，对门宦势力采取了严厉打击和极力压制的政策。尽管如此，门宦势力还是在境外反华势力支持下，发动了屠杀异教徒的叛乱，将矛头直接对准帝国的普通公民以及地方政府。
邪教叛军，以清除异教徒为理由，发动了所谓的圣战，进行了人类历史上最残忍的种族灭绝大屠杀。叛军血洗村庄八女井，将全村一万余口不分男女老幼集体屠杀。他们比希特勒屠杀犹太人手段更残酷。不分男女老幼，全部用刀砍死，用火烧死，进行种族灭绝大屠杀。不是为谋财，不是为谋地，单纯为杀人而杀人。
[转自铁血社叛乱一发生，大西北地区的邪教教徒纷起响应，短时间内形成了十多股势力，他们先后进攻，西安和潼关，一度威胁着陕晋豫的咽喉要地和山西滨河一带的地区。
华亭，隆德，平远，海城，固原五个地区，人口总损失百多万，占叛乱之前人口的八成、
平凉华亭县。邪教叛军入境，焚杀极惨。初叛之时，尚爱乡土，不甚残毒。后来，无所顾惜，焚杀惨于十倍。华亭从此丘墟。乡镇民屋焚杀殆尽，遗民数百悉逃莲花台。剿灭叛军之后，招安遗民，归城者仅七十余人，男女老幼死亡数万。”
平凉隆德县破城之后，从此官逃庄浪，城空无主者五年．人民杀毙饿死十有八九，老弱逃尽，全县无二三十人家。全县村村焦土，十室九空．人口死亡比例高达90%。
在庆阳县，四乡堡寨攻陷无遗，而县城独全，盖四乡之人逃出虎口者，生后入城避难。是月初九日，邪教叛军入城，全城糜烂，死者不知其数。叛乱之前，全县人口26.9万，战争损失23。4万，损失比例为87%。
这一场叛乱，起势之猛，发展之快，让帝国政府措手不及。帝国政治保卫局、生产建设兵团、各地驻军因为承平日久，思想懈怠，心慈手软，以至于平叛不利。
平凉、固原、西宁、狄道、河州、宁夏等地，先后被叛军占据。最终在甘肃形成了以金积堡、河州、西宁、肃州为中心的四个叛乱基地。
此刻的陕甘宁一带，“远近城邑寨堡，惨遭杀掠．民靡孑遗。平、庆、泾、固间．千里荒芜，弥望白骨黄茅，炊烟断绝，被祸之惨，实为天下所无”。
邪教叛乱，天下皆惊。世界各国纷纷发表评论，严厉斥责这种反社会反人类行为。
华夏帝国皇帝周垣发布总动员令，任命贺人龙为陕甘总督，从内蒙古、山西、四川等地调集军队，进入陕甘宁地区进行平叛。
贺人龙深知这些原教旨主义军难以对付，因此，他向华夏帝国皇帝进陈方略说:“方今所患者，邪教叛军耳。以地形论，中原为重，关陇为轻；以用兵次第论，欲靖西陲，必先清腹地，然后客军无后顾之忧，饷道免中梗之患。”
“进兵陕西，必先清关外之贼，进兵甘肃，必先清陕西之贼，驻兵兰州，必先清各路之贼，然后饷道常通，师行无梗，得以一意进剿，可免牵掣之虞。”
在贺人龙的指挥之下，陕甘宁一带的军民，采取定点清除、步步为营的策略，以集中兵力，对叛军占据地区逐个斩草除根式的清除。
邪教武装在金积堡周围布置了五百七八十座堡寨，负隅顽抗。
平叛部队用重炮轰击各个寨堡，金积堡包围圈，逐步缩小。历时三个月，金积堡叛军粮食消耗殆尽，不得已投降。贺人龙下令，““石头要过刀,茅草要过火,人要换种。斩草除根，永绝后患！”
随后，河州、西宁邪教叛军陆续被剿灭，肃州成为陕甘原教旨主义暴乱军最后汇合的堡垒。
周垣命令帝国反恐部队、新组建的快速反应部队进军肃州，后又加派山地师和生化部队。
肃州周围数十多个堡垒首先被反恐部队攻破。
随后，前来支援的重炮部队用大口径火炮攻城，城随坍随垒。
但半个月时间之内，肃州仍未攻下。贺人龙勃然大怒，亲自到肃州督战。曹操罗汝才率领高原军区的一个机械化步兵师，前来支援。
教匪叛军孤立无援、伤亡惨重，不得不放弃战斗，向贺人龙投降。
叛乱分子当中的主要头目，全部被凌迟处死。其余的协同者，遭到流放新几内亚岛。
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