小新几人回到了森林，一段时间后，骑着快龙的训练家找到了小新几人。随后小霞发现这个人非常熟悉，原来是四天王之首的渡先生。
小新几人开始自我介绍，然后问了问渡先生为什么会在这个地方出现，原来渡先生收到情报，来愤怒之湖调查了解火箭队在这个地方在做某种实验，渡先生是联盟搜查官。
渡先生准备开始行动，指导小新几人去卡吉镇的道馆，走到了一半，小新几人还是不放心，决定回去帮助渡先生，帮助暴鲤龙。
渡先生打入到了火箭队基地，这个基地是希拉奴博士负责，辰已对战保护。火箭队三人组也来到了火箭队基地，在基地里面出来顿饱餐。被派出引诱暴鲤龙，火箭队三人组的计划很成功。
小新几人赶到后，看见暴鲤龙被抓了。小智派出了小锯鳄，小霞派出了蚊香蛙，希拉奴博士看见了小锯鳄和蚊香蛙在就暴鲤龙，还看见小新几人。渡先生也看见小新几人返回来了。
希拉奴博士派出了火箭队人员对着小新几人发出来攻击，希拉奴博士使用了进化电波，小智的小锯鳄和小霞的蚊香蛙失去了战斗能力，皮卡丘和波克比也失去了战斗能力，小新想要看看火箭队有什么阴谋，没有还击。
火箭队抓住了小新几人，暴鲤龙也被抓住了，火箭队返回了基地。小智问到了火箭队抓暴鲤龙干什么，希拉奴博士看见小新几人没有反抗能力，说出来自己的r计划，计划书是控制精灵进化，打造火箭队的精灵军团。
红色暴鲤龙是火箭队进化促进电波的实验证明，小智三人在一边嘴强王者，小新很无语，随后火箭队把小新几人关到了铁笼子里面。
火箭队开着车队离开了基地，渡天王请君沙小姐支援，随后开着车来到了火箭队基地。火箭队三人组被安排留守基地，一直嘲讽小新几人出不去，小新派出了喷火龙击飞了三人组，破坏了铁笼子走出火箭队的基地。
来到门口，遇到了渡天王，随后渡天王带着小新几人追击火箭队的车队。希拉奴博士坐着直升机先一步飞去总部开会，辰已和火箭队队员作者2架直升机则带着红色暴鲤龙飞上了天空，红色暴鲤龙醒来了，挣脱的带着2架直升机掉入了河中，在水中红色暴鲤龙逃出了网布，开始用水枪攻击火箭队的车队。
火箭队车队还不放过红色暴鲤龙，在次放出了捕捉网，开始对着红色暴鲤龙放出了电击，小智看情况不妙，放出了月桂叶对着火箭队的捕捉网的绳子使用了飞叶快刀，绳子被割断了，火箭队车队失控开始互相撞了起来，火箭队车队翻车了。
另一边渡先生击败了辰已队长，然后把辰已队长抓了起来，红色暴鲤龙废发出了怒火对着四周一片攻击，小新乘机查看了暴鲤龙的精灵数据。
精灵：红色暴鲤龙（变异）
性别：雄
资质：天王
特性：威吓
等级：71级
属性：水
技能：水枪，横冲直撞，瞪眼，咬咬，龙之怒，冰牙，龙卷风，水柱尾，求雨，咬碎，水炮，龙之舞，破坏死光等。
小新放出了喷火龙，击败了愤怒的红色暴鲤龙，丢出精灵球收服了红色暴鲤龙，把火暴兽传送到了生态园。
随后渡先生赶到了，看着小新几人没看见暴鲤龙，随后问到了暴鲤龙去哪里了，小新表示自己收服了，君沙小姐带着警察来了，随后抓捕了火箭队一行人，辰已队长也被追捕了。还查封了火箭队基地。渡先生让小新几人好好加油，然后骑着快龙飞走了。
小新一行人来到了卡吉镇精灵医院检查了精灵，随后好好在精灵医院休息了。
第二天一大早，小新几人来到了道馆挑战，小新几人自我介绍一下，道馆训练家也自我介绍一番，原来道馆训练家叫做柳伯。
小智先开始挑战道馆，柳伯派出了白海狮，小智派出了火球鼠。小新查看了精灵数据。
精灵：白海狮
性别：雄
资质：道馆
特性：湿润之躯
等级：36级
属性：水，冰
技能：铁头功，嚎叫，信号光束，冰冻之风，再来一次，冰烁，睡觉，水柱圈，极光束，喷射水柱，盐水，绝对零度。
小智的火球鼠被白海狮击败了，等级和属性差异巨大。小智派出了皮卡丘，白海狮被击败了，柳伯派出了长毛猪。
精灵：长毛猪
性别：雄
资质：道馆
特性：迟钝
等级：67级
属性：水、地面
技能：撞击，冰烁，原始之力，嗅觉，玩泥巴，细雪，掷泥，泥爆弹，忍耐，冰冻之风，冰冻牙，猛撞，白雾，乱突，地震，暴风雪。
小智一番苦战后，赢得了胜利，等柳伯的精灵休息好了，小新开始了挑战，直接派出了喷火龙，直接一招秒，赢得了胜利。
小新几人的到了徽章，开始继续旅行了，小新几天来到了草原，遇到了走路草，走路草全身是伤，小刚治疗了走路草，拿一下精灵食物给走路草吃，皮卡丘发现了什么，跳下了小智的肩膀，向前跑了过去，小新几人跟着皮卡丘走路过去，看见霸王花和美丽花在开始争斗打架。
小智放出了月桂叶阻止了争斗打架的霸王花和美丽花，随后来了一个草系精灵研究员，然后小新几人和研究员各种介绍一下自己。研究员叫做赛佳，是这一片草原的管理者和研究员。
原来这个地方相反的风向可以导致臭臭花进化成不同的，美丽花和霸王花才会长展开了争斗，随机有几只进化到了自己想要进化到状态后，美丽花和霸王花平息了战斗。
小新几人在草原里塞佳到研究所休息了几天，小新几人开始继续旅行。
小新几人来到了火山的路上，火山的路上小新几人赶到了炎热，小新几人发现了温泉，小新几人就放出了精灵，在温泉里面好好放松休息。
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