离开了浅红道馆的森林，小新一行人来到了野生精灵保护区了。小智兴奋的想要收服看着奔跑的一大群肯太罗，小新拦下小智，告诉他这个地方是野生精灵保护区，不允许收服精灵。刚说了没有多久，一个骑着小火马带着卡迪狗的女孩就出现在小新等人面前。
小新等人交流一会，介绍了大家的名字和来历，原来这个女孩是拉拉美族的富子姐姐。富子带着小新一行人来到自己家，介绍了明天有赛跑大赛。小新没有地面的精灵，没有参加，小智三人都一起参加的赛跑大赛，最后富子得到了冠军。
在庆祝富子得到冠军，大家在富子家吃了个饭，休息一天，小新一行人准备明天的旅行了。
小新一行走了一段时间，来到一片丛林的地方，这个地方还是野生精灵保护区，小新一行人在这边好好看看，休息了一下。继续朝着野生园野区走去，到了野生园野区，小新一行人很开心，终于可以收服精灵了。
小新一些在里面交谈，知道管理人员叫做凯撒，然后跟大木博士聊了一会。小新知道这个里面有迷你龙，先让小智几人先去捕捉精灵，一个人可以有30个宝贝球。过了一会，火箭队三人组偷袭凯撒，小新放出了喷火龙把火箭队三人再次击飞了。小新准备跟凯撒好好交流几句。
“凯撒先生，我知道你的事情，我也知道园区里有迷你龙，我想把迷你龙收服，我是一个训练家和培育家，我在真新镇里面有生态园，可以好好的保护迷你龙，你以后有机会可以经常看一看。”
“小新，我看出来你的实力了，你有能力保护好迷你龙，我允许你收服迷你龙，我带你去吧。”
随后小新跟着凯撒去迷你龙的地方。小新看见一条哈克龙和一条迷你龙，原来最早的迷你龙进化成为了哈克龙，小的迷你龙是刚出生没有多久的，小新查看了精灵数据。
精灵：迷你龙
性别：雄
资质：道馆
特性：蜕皮
等级：15级
属性：龙
技能：紧束，瞪眼，电磁波，龙卷风，龙之怒
精灵：哈克龙
性别：雌
资质：道馆
特性：多重鳞片
等级：51级
属性：龙
技能：紧束，瞪眼，电磁波，龙卷风，龙之怒，高速移动，摔打，龙尾，水流尾，神秘守护，龙神俯冲，逆鳞，破坏光线。
随后小新和迷你龙一家交流一阵子，收服了迷你龙和哈克龙，这两只精灵资质都是道馆级的。稍后可以用资质药水培育，身上7只精灵了，把暴鲤龙传送回去之后。小新和凯撒回到了园野区的房子里面，等着小智三人回来。过了一会小智3人回到了园野区屋子。
就这样小新三人又开出发旅行了，来到一个小镇，小智三人也知道小新收服了迷你龙和哈克龙，约定以后有精灵蛋要送给小智三人。小新三人在精灵中心了解过去对面需要有自行车，然后再精灵中心检查了精灵的健康，小智三人没有自行车，乔伊小姐拜托小霞几人去对面送药，小新决定送小智三人自行车，小新几人去买了自行车就准备去对面的阳光镇了。
小新几人骑着自行车准备过桥了，再遇到一堆飙车族，火箭队三人族也出现了，他们想要抢夺小新几人的精灵，还没开始战斗，君沙小姐带着警察出现了，飙车族吓的逃跑了，火箭队三人组也逃走了，君沙小姐和小姐几人交流过后，就这样小新几人骑着自行车开始朝着阳光镇出发了。没走多久，就开始下起大雨，电光雷霆的。
小新几人冒着大雨的终于来到了精灵中心，乔伊小姐拜托都事情也完成了，在精灵中心好好休息了一天，第二天小新一行人开始出发了。
再出发到了一片野地里，天上又下去大雨，小新几人快速的奔跑，在不远的地方找到一个避雨的屋子，遇到了爱模仿的百变怪和它的训练家伊美蒂。百变怪模仿的还是不是很像，百变怪脸部没法做到模仿，伊美蒂想让它做到，因为火箭队出来捣乱，后面帮助百变怪做了很完美，小新这次控制很小的威力还是把火箭队三人组击飞了。就这样百变怪做到了完美，伊美蒂的演艺屋又开张了，和伊美蒂分别后，小新一行人又出发了。
小新一行人来到了皮卡丘森林，小智的皮卡丘跟它们玩到了一起，然后火箭队出来捣乱，小新放出了精灵再一次击飞了火箭队，小新决定收服这群皮卡丘，在一番和精灵的交谈后，皮克丘愿意被收服，就这样小小新又收服了皮卡丘一族。
小新一行人朝着下个道馆继续出发，在旅行途中遇到了一只被拴在树洞的伊布，伊布脖子上有个吊牌，史顿镇，小新等人朝着史顿镇出发了，在走了一段时间，小新来到了史顿镇。
在史顿镇遇到了伊布四兄弟，期间四兄弟一只想让伊布进化，还想让小智的皮卡丘进化成雷丘，让小刚的六尾进化成九尾，火箭队三人组又来捣乱了，小新看不下去了，再一次把火箭队击飞了，顺便教育了伊布四兄弟的老大老二老三，然后告诉他们伊布还可以净化成为月亮精灵，太阳精灵，冰精灵，叶精灵，仙子精灵。然后伊布四兄弟还有小智三人大开眼界。今天的说法被大木博士知道了，然后打来电话跟小新聊了一大堆，大木博士实验了小新的说法，最后发表了这个论证。全世界看了这片报道。
在伊布四兄弟家休息了一天，小新一行人在一次出发了，小新一行人肚子很饿，终于到一个村子，想去买面包，可惜面包没有了，去买蔬菜，蔬菜也没有了，一个好心的大爷看着无精打采坐在一起的小新等人，带着小新几人来到自己家请小新几人吃饭，然后在一阵交谈中，原来村子很少下雨，农作物没有收成，家里的存粮也不多了，吃完饭大爷带着小新几人看了河水干枯，然后农作物枯黄，小新放出了哈克龙使用了求雨，有了雨水，大爷很开心，小新等人顺便去河流上流发生了什么事情，朝着上游走去，发现了上流河流被荆棘挡住了，小新放出了喷火龙使用了喷射火焰打开了道路，在一处泉眼发现卡比兽挡住了泉眼，小新放出了鬼斯，让鬼斯使用食梦，就这样把卡比兽弄醒，卡比兽醒了肚子很饿，跑去把泉眼后面堵住出水口的荆棘吃光了。
然后河水开始流淌了，小新一行人回到了村子，大爷感谢了小新一行人，请小新等人吃了一顿大餐。
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