小新根小智几人在精灵医院分别了，骑着喷火了回到了真新镇，回到了家里和妈妈讲了讲了旅行的故事，在家休息了一会后，准备去大木博士的研究所了。
来到了大木博士的研究所，看着忙碌的工作人员。
“小新来了啊，准备建立自己的培育屋和生态园了吗？”
“对啊，博士，我看看我收服的皮皮一族和疗养院的精灵准备建立自己的培育屋和生态园，我准备让你帮我把月之石出售了。”
回到了家和小翠通了电话，等着培育屋和生态园的建立。在家休息的几天后，大木博士帮忙出售的东西的资金到位了，培育屋和生态园的批示也到位了。小智带着小翠在真新镇找到了合适的培育屋地址，让后让小翠筹备培育屋的建立，精灵蛋和精灵宝宝让大木博士帮忙找渠道，小新自己在真新镇开始找生态园的地址。最后决定在真新镇的后山筹备建立了自己的生态园，生态园让妈妈负责，顺便在网上招募了必要的工作人员，一阵时间的忙碌。小新有准备出发旅行了，毕竟自己还需要完成任务。
然而小智也打过了枯叶市道馆，继续了新的旅行，小智骑着喷火龙在一个港口城市遇到了小智几人，几人想做圣安奴号邮轮。结果小智几人没有钱，小新大方的帮忙给小智三人买了船票。
然后小智等人顺利的上了邮轮，在邮轮里面小智展开了和其他训练家的对战，然后这艘邮轮是火箭队的目标，准备把船上的训练家一网打尽，不过这群训练家怎么会让他们得逞，一番战斗，火箭队被打败了。
由于战斗这艘邮轮即将沉没，很多人都做到了逃生挺逃走了，然而小新一行人和火箭队的喵喵三人组昏迷在沉船里面，然后小新一行人醒了，一阵忙碌的发现被水淹了的火箭队三人，就这样先休战了，在几人忙碌的逃生后，小新三人找到海上漂的的木板，就这几人站在木板上，看着一片汪洋的大海，火箭队再一次被小新几人救了上来，小次郎放出鲤鱼王，看着鲤鱼王这么没有，成功激怒了鲤鱼王最后进化成为了暴鲤龙。然后使用龙卷风想把小新几人卷飞。
小新使用技能探测暴鲤龙的数据。
精灵：暴鲤龙
性别：雌
资质：道馆
特性：威吓
等级：30级
属性：水、龙
技能：横冲直撞，咬咬，龙之怒，龙卷风，瞪眼。
看着这只暴鲤龙，小新决定收服了，把比雕放了出来，一番一番战斗，小新收服暴鲤龙，用了一个资质药水，暴鲤龙也有天王的资质了。
小新让比雕飞出去找一找有没有岛屿，一阵等待，比雕找到了岛屿，小新一行人坐着暴鲤龙朝着岛屿旅行去。小新一行人来到了板木集团的精灵机器乐园，在一阵的探索，小新一行人朝着休闲都市蓝普鲁奇进发了。
小新一行人在休闲都市开始了独家，刚好这个城市还有特殊的精灵活动，大木博士和妈妈也来了，小新一行人和博士，妈妈好好在这场活动游玩了一番，然后这个城市被一群玛瑙水母攻击了，小新看着这一群玛瑙水母，决定把它们都收服，尤其是巨大的那只水母，在小智的探测下。
精灵：毒刺水母
性别：雌
资质：天王
特性：雨盘
等级：67级
属性：水、毒
技能：剧毒，冰雹，毒液冲击，觉醒力量，冰冻光线，暴风雪，求雨，守住，神秘守护，破坏死光，报复，剑舞，冲浪，溶解液等等。
在小新放出了比雕一番战斗收服了毒刺水母，然后放出毒刺水母一番交谈，顺便把玛瑙水母群收服了。家里的生态园建立很大，基本上该有的场地都有。希望抽奖可以得到好的东西。
就这样小新一行人开始下个旅行，坐着邮轮到了少女峡港口，小新一行人准备在这个城市好好旅行，小新的精灵球也快见底了，准备去精灵商店买点精灵球还有能量方块。
刚好这个港口城市正在举办庙会活动，在这场活动里遇到了少女的灵魂和一只千年鬼斯。关键还是说话。小新想要收服这只鬼斯，在一番交谈里，鬼斯同意了，小新查看了这只鬼斯的数据。
精灵：鬼斯
性别：雄
资质：天王
特性：漂浮
等级：69级
属性：幽灵、毒
技能：催眠术，舔舌头，痛苦，黑色眼光，咒语，黑夜诅咒，奇异光线，突袭，报复，影子球，食梦，恶波动，同命，噩梦，厄运降临等。
小新用喷火龙一番战斗，最终收服了这只鬼斯。小新一行人旅行继续。朝着黄金市旅行。
中途遇到了巴大蝴迁徙，小智为了巴大蝴的爱情，让巴大蝴和族群一起迁徙去了。经过这件事，小智又成熟了几分。
终于来到了黄金市，小新和小智开始挑战黄金市道馆。娜姿馆主心里有点扭曲，超能力过于强悍。想让挑战者变成娃娃陪着她。
小智先开始挑战道馆赛，超能力道馆1V1。
“去吧，皮卡丘。”
“去吧，凯西。”
小新探测了对面凯西的数据。
精灵：凯西
性别：雌
资质：道馆
特性：同步
等级：45级
属性：超能力
技能：瞬间移动，幻想光线，精神冲击，影子分身，冥想，觉醒力量，守住，神秘守护，求雨，暗影球等。
小智挑战失败了，小新一上场使用了鬼斯，等级差距巨大了，小新赢得了比赛。小新告诉小智要赢娜姿只要去紫苑镇抓一只幽灵系的精灵就好了。小新又可以抽奖了一波。在一番抽奖中，小新抽到了（小）资质药水的秘方。制作药水的药材基本上都有，到时候去买齐自己就可以制作了，到时候自己培育店可以培育出高资质的小精灵了。精灵的资质上线高的下一代基本上都不是很低。资质决定一只精灵的潜力。
就这样小新一行人来到了紫苑镇，新的一天又开始了。
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