随后黑衣人向男主透露了机器人已经决定对华胥国动手，要将在现实中幸存的人类一举铲灭，而后离去。
男主的惊愕中回到现实飞船上将这一消息告诉了众人。
在船长的建议下，决定再次找到圣人，看看圣人有没有转圜挽救的办法。
而后男主通过了一系列迷宫般的房间见到了一个男人。
那个男人自称“大罗”，是圣人的护卫。
在男主救世主的视角下，这个大罗全身流动的竟然是金色的代码，矩阵中的其他人类和正常程序都是绿色代码，金色意味着其是异常程序。
大罗告诉男主，矩阵是一个不断升级进化的系统，系统升级后有很多淘汰下来的程序需要删除，而这些程序中不乏有产生了自己的智慧与情感的存在，他们不想死，于是就四处躲避着追杀。
大罗便是托庇于圣人的保护下的一个异常程序。
想要见圣人，先过他这一关。
而后整部电影第一场激烈的动作戏开始，在一座岛屿上，男主这个救世主与“大罗”进行了切磋式的打斗。
原来除了诡异复活的上一代黑衣人外，矩阵中竟然还有这样一个存在能跟男主这个救世主匹敌。
不过很明显大罗力量确实相比男主差一些，在切磋中落败后，在岛屿的沙滩上，一个慈祥的中年妇女从一扇突兀的门后走了出来。
正是圣人。
圣人千变万化，上一次见还是小女孩的模样，这一次就变成了中年妇人。
面对男主对华胥国安危的疑问，圣人并未正面回答，而是告诉男主，只有矩阵中的程序与人类团结一致才会有真正的美好的未来。
随后又说，男主想要的答桉和解决办法在代码之源中便能找到。
异常程序返回源代码便会被回收，意味着死亡，而男主进入矩阵的源代码就有机会终结华胥国的危机。
但想去源代码，必须要先找到一个异常程序——开锁人，开锁人能为他打开通往源代码的房间，穿过挡在源代码之前的防火墙。
而开锁人被一个非常厉害的程序“看守者”关押着，看守者的职责便是抓捕异常程序，然后在下一次矩阵升级时将这些异常程序丢入源代码从而在根源上删除他们。
就在男主想进一步追问的时候，圣人面色微变，随后男主与守在圣人身边的大罗齐齐转头看向大海。
在大海深处，缓缓升起了一个人影。
正是已经复活的上一代黑衣人。
黑衣人的目标是圣人。
他要圣人的双眼。
黑衣人并不欲此时与男主发生战斗。
但男主并不打算避战，一方面是上一次黑衣人现身，两人稍稍交手后，他既为黑衣人的力量而震惊由此生出了争强好胜的情绪，而且对黑衣人为什么能复活，还力量大增感到好奇。
另一方面虽然他也对圣人有些忌惮和怀疑，怀疑圣人身为一个程序会不会真心实意的帮助人类，但他绝对不可能允许黑衣人杀死圣人，或者从圣人那里夺走什么东西。
在他眼中，黑衣人是真正的邪恶。
随后在男主的掩护下，圣人与大罗得以安全撤离，而整部电影的第二场大战也就此开始。
两人的战斗击碎了小岛，从天空打到海面，又从海面打到海中。
黑衣人能够同化海中任一生物的异能也让观众们大开眼界。
而与此同时，在男主从圣人口中得知开锁人以及被关押的地点后，就如同千里传音一般在颜晓月扮演的女主心灵中直接传音，告知了圣人的回答。
所以船长与女主也行动了起来，经过一场乱斗从关押开锁人的地方将其解救了出来。
与此同时也惊动了看守者，看守者派出了双子星病毒程序前来追杀。
海中的超级战斗与高速公路上的紧张追逐在流畅而凌厉的剪辑下让银幕前的所有影迷都喘不过气来。
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