接下来需要做的工作就是原子弹的小型化，以及根据投弹方式做的一些改进设计。
小型化工作最为重要，当时引爆的实验装置中达50多吨，就算是取掉上面的一些不必要的设备，其重量也超过了轰炸机的承载能力，而且体积更是大到连地面运输都不可能。而按照要求，要用“鹏”式轰炸机投掷原子弹的话，那么其重量就得控制在9吨以下，而且最好控制在5吨左右，这样轰炸机才能够达到最大作战半径。同时，原子弹的外型尺寸最好能够控制在弹舱可以容纳的范围之内，最大尺寸不能够超过轰炸机停在地面时，弹舱顶部与地面的距离。也就是说，原子弹要具有实战使用价值，就必须要完成小型化工作，不然就最多只是拿来吓唬人的实验装置而已。
原子弹的具体结构设计也很重要。不说别的，气压高度引爆装置就必须要做到足够的精确。当然，以原子弹的威力，就算引爆高度高一点，或者是低一点，对其破坏效果也没有太大的影响，而最关键的就是可靠性，绝不能因为引爆器出故障，让原子弹在投下后根本就炸不响！
运载工作的改进问题也很关键。现在已经确定由“鹏”式轰炸机来投掷原子弹，而且设计原子弹的工程师也已经保证，肯定可以让原子弹装到轰炸机上去。问题是，轰炸机肯定要根据原子弹的外形进行改进，而且其内部结构，特别是弹舱结构也要改进。比如普通“鹏”式轰炸机的弹舱内就设有两条并排的炸弹挂架，可以挂十几枚，甚至是几十枚炸弹，而在投原子弹的时候，只需要挂一枚炸弹，而且炸弹挂架的承载能力要高得多，就得对弹舱的承力结构进行调整。
飞行员的问题并不大，麻烦的是，现在科学家知道原子弹的威力有多大了，那么怎么保证投下了原子弹之后，轰炸机能够逃出爆炸杀伤范围，而不是被原子弹给干掉呢？高空投弹是唯一的解决办法，这样炸弹落下的时间会更长，飞机也就有更多的时间逃出危险空域。可这仍然不够，必须要给原子弹装上减速降落伞。
投弹的精度也有要求，当时负责该项目的陆航将领要求轰炸机飞行员能够在8000米的高度上，将炸弹投到一块篮球场大小的靶子上去。这个要求就有点过头了，说白了，原子弹那么大的威力，就算是投偏了一点，对其杀伤效果也没有什么影响吧。只是负责投掷原子弹的部队是帝国最精锐的战略航空兵飞行员，对其要求自然就高得多了。
可以说，在首相的直接命令下，各项工作的速度都加快了不少，只是当时薛希岳还没有决定是否立即使用原子弹。毕竟罗云冲的战略轰炸已经取得了非常显着的效果，“橙色作战”也已经全面拉开，只要美国出现饥荒，那么战争也会很快结束，有必要在这最后的时刻用上原子弹吗？
科学家可没有管这么多，当时“盘古计划”的科学家利用首相的支持，不但在加紧做好原子弹轰炸的准备工作，还积极的展开了另外一项研究工作。
原子弹产生巨大威力的基本原理是重核在裂变的时候会损失质量，而质量将转化为巨大的能量，可是在第一次实验爆炸之后，科学家们发现了很重要的一点，那就是裂变对核材料的利用效率相当低。当时20公斤的铀235实际上只损失了不到1克的质量，也就是说，核材料的利用率不到两万分之一。这是核裂变的一个天生的缺陷，毕竟重核在裂变成轻核的时候，损失质量只占到了原子核质量的很小一部分。那么，有没有别的办法来提高核材料的利用效率呢？科学家们想到了另外一条途径，那就是核聚变！
核聚变的作用原理与核裂变一样，也是利用物质的原子核在发生变化的时候损失质量产生能量，只是其作用方式完全相反，核裂变是重核裂变为轻核而损失质量，而核聚变是轻核聚变为重核而损失质量。当时理论研究方面已经取得了突破，证明氢院子的同位素氘与氚都会在聚变的时候释放出核能，而且其释放核能的能力是裂变的千倍以上！
实际上，在研究原子弹的时候，科学家们就已经注意到核聚变时释放出的能量要大得多，只是在经过了理论计算之后，科学家们不得不暂时放弃了核聚变方面的研究，原因只有一个，要使轻核聚变成重核，需要上亿度的高温，而当时是没有任何人为手段可以达到这么高的温度的。也就是说，不可能通过人工的办法实现核聚变。
原子弹爆炸成功之后，科学家们找到了火种，通过测试，原子弹爆点的温度完全可以引发核聚变。也就是在第一次核实验装置爆炸之后，就有科学家提出，用原子弹作为雷管，引发核聚变，制造出一种威力更大的炸弹来。
当然，要制造出氢弹（这是后来的称呼），绝不是理论计算那么简单的事情。当研究深入下去的时候，很多问题就逐渐暴露了出来。不说别的，氘与氚都是气体，而气体的密度是相当小的，而要提高密度，就要设法将氘与氚变成固体，而这就需要零下200多摄氏度的超低温，而当时是没有办法长期保持这种低温的，因此，要制造出氢弹，在没有取得技术突破，或者是找到别的办法之前，那不比登天容易多少。
对科学家来说，最缺的实际上还是经费的问题。“盘古计划”的目的就是要制造出原子弹，而且当时还没有第二个国家制造出了原子弹，因此当原子弹试爆成功后，帝国就不会继续为“盘古计划”投入资金了，科学家也就没有办法继续开发出威力更大的氢弹。也正是如此，当时很多科学家就借用“盘古计划”还没有正式终止的机会，开始着手进行了氢弹的研究工作。
最主要的问题是，首相当时没有决定是否使用原子弹，可以说，使用原子弹本身不止是军事问题，还是政治，外交，甚至涉及到了道义问题。如果可以不使用原子弹就击败美国的话，那么为什么要使用呢？可以说，薛希岳的犹豫也是有道理的。只是有一个问题，当时初了薛希岳之外，几乎所有参与了“盘古计划”的人员都想知道原子弹在战争中的实际威力。也就在这个时候，一封由200多名“盘古计划”的主要推动者联名的信件送到了薛希岳的办公桌上。
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