雷少卿从海军司令部带来的消息也让谈仁皓对未来战局的发展做出了新的判断。接下来几天，谈仁皓一直在要塞司令部，没有回舰队。到三月二十九日的时候，针对受损战舰的检查已经完成。当时需要维修的大部分战舰都隶属于第三特混舰队，特别是五艘战列舰都被确定需要进行维修，万幸的是，第三特混舰队的战列舰并没有在炮战中受到严重的损伤，都可以在直布罗陀要塞由工程维修船进行维修。
相关的维修工作是由雷少卿亲自安排的，受损最严重的“贵阳”号与“南昌”号首先进行维修，两艘战列舰都同时由两艘工程维修船进行维修。工程师在二十九日那天就拿出了维修评估报告，确定这两艘战列舰需要大概十天的维修时间。相对而言，这个维修时间是比较短的，如果需要返回帝国本土的话，那么仅仅花在航行上的时间就有两个月呢。其他战舰的维修工作也很快被安排了下来。
第六特混舰队是在三月三十日的时候离开了桑坦德港，除了严重受损的“福州”号必须要在桑坦德港再停留几天，把舰体水线以下部位的漏洞先堵上，然后才能返回直布罗陀要塞之外，其他的战舰都在三十日的凌晨出发了。该舰队在四月二日晚到达了直布罗陀要塞，并且立即由工程维修人员进行了全面检查。
与第三特混舰队的情况完全相反，除了“南京”号没有遭受战斗损伤，只需要更换几个出了故障，或者是存在故障隐患的零部件之外，“合肥”号与“松江”号都不可能在直布罗陀要塞得到完全修复。“松江”号的损伤比较严重，很多维修工作都需要大型起重机，而这是工程维修船上所没有的，因此必须要返回帝国本土。“合肥”号就比较倒霉了，这艘战列舰只挨了一发炮弹，可这发炮弹正好就落在了甲炮塔的前面，并且震坏了甲炮塔下面的液压旋转机构，导致一个超大尺寸的零部件出现裂痕。虽然可以通过修复其他部件使甲炮塔继续使用，但是为了保险起见，就必须要更换那个出现裂痕的零部件，而这就必须要将炮塔整体吊起，需要两台600吨的起重机，而工程维修船上的起重机最多只能起掉250吨的物件。因此，“合肥”号也必须要返回帝国本土进行维修。
其他几支特混舰队的情况就要好得多了。第五特混舰队的“千岛湖”号航母上的一部弹射器出了故障，在战斗进行的时候，经过紧急抢修还可以暂时使用，随后舰队回到了直布罗陀要塞，经过检查，最后必须要更换一部新的弹射器。万幸的是，当时工程维修船上带了几套完整的弹射器，而且更换工作并不麻烦，只需要拆下航母首部的飞行甲板，就能够进行维修了。第二特混舰队只有两艘巡洋舰的动力系统出了小故障，根本就不需要工程维修船，在只需要一些零备件，数日之内就可以修复。第一特混舰队的情况最好，没有一艘战舰需要维修，只需要进行正常的保养维护。
在战舰进行维修的同时，舰队官兵也轮番上岸休整。当时，已经有三个陆战师到达了直布罗陀要塞，另外还有至少5000名工程人员在要塞里忙碌，另外还有几个陆战师不得不留在了休达港与丹吉尔港。要塞里根本就没有足够多的地方供舰队官兵使用，雷少卿不得不出面联系了拉利内阿的波斯占领军司令官，由波斯占领军向帝国海军开放拉利内阿，这样舰队官兵就能够到拉利内阿去度假了。
还有很多的细节事务是必须要及时处理好的，比如在战斗中俘获的数千名英国官兵都得及时的送回帝国的战俘营，这些战俘都在四月分到来之前被安排到了返回帝国本土的船只上，由陆战队负责押送工作。另外，伤员也要得到及时的处理与照顾。直布罗陀要塞的前线医院的容纳能力相当有限，大部分的伤员都是先转送到了休达，然后再由运输机送到了亚历山大港，轻伤员将在这里得到治疗，而重伤员则将被送到德黑兰去，由波斯帝国的军事医院提供治疗。阵亡官兵的名单也在三月二十八日的时候送回了海军司令部，然后由海军司令部负责给这些官兵的家属发出慰问信与抚恤金。
处理完舰队与官兵的事情后，还得为舰队下次行动准备好作战物资。同样因为直布罗陀要塞并没有完全恢复要塞的职能，因此大部分舰队需要的作战物资都储备在休达与丹吉尔，只是在需要的时候由运输船送过来，这增添了不少的麻烦，让雷少卿不得不频繁的与波斯帝国的港口司令官联系，以确定物资已经及时送出。
相对而言，谈仁皓在这几天里的事情是比较少的。舰队的内部事务都由朱荣哲负责处理，而后勤保障工作，以及战舰的维护工作是由雷少卿负责安排的。他只是在二十八日忙了一天，把牺牲官兵名单发回了海军司令部，然后就没有什么事好做了。当然，谈仁皓并没有轻松下来，他一直在密切的关注着局势的变化，特别是英国投降，以及是否攻打马耳他岛的问题。可是当时海军司令部并没有把相关的消息发过来，也许连甘永兴都对里约热内卢那边的谈判工作不太了解呢。
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