相比中央尚书台，这套行台的民政系统缺少主掌典礼、祭祀的部门，这是因为祭由天子，这方面职权，裴该不宜篡夺——再者说了，典礼可以暂归民部，至于祭祀，他还真没这方面需要。
司马下属五部，分别为：兵部，掌军政，兵部掾为辛攀辛怀远；枢部，掌军令，枢部掾为郭默郭思道；警部，掌地方治安事，各郡县戍守军亦受统辖，警部掾为李矩李茂约；屯部，掌屯田事（这部分将随着分田编民，徐徐转归民部），屯部掾为辛明辛鉴旷；行部，掌联络及外族事（因为不能算外交，也非理藩，故此不可名为鸿胪或典客，乃套用汉代大行令之名，称行部），行部掾为游遐游子远。
此外，保留记事部门，为大司马秘书，以郭璞郭景纯担任记事督，为五品上大夫。
军队方面，三军帅、佐及司马不变。中军辖一、二两旅，第一旅以甄随为帅，姚弋仲为佐，下辖劫火营（即第一营）和二、三两营；第二旅以王泽为帅，谢风为佐，下辖摘星营（谢风兼任其督）、劫火左营和灞上营。前军辖第三旅，陆和为帅，高乐为佐，下辖武林营、武林右营和雷霆营。后军辖第四旅，陆衍为帅，董彪为佐，下辖厉风营、蓬山营和第十二营。
——部分左右为名的营头合编，即舍其号。
单设骑兵旅，北宫纯为帅，罗尧为佐，下辖骐骥营和骑兵第二营。改部曲营为警卫营，仍以文朗为营督。
各营营督以上多为少将衔，只有两个例外，一是第一旅旅佐姚弋仲，资历尚浅，不过他是从部曲营外放的，故此以上尉低衔而行高职；二是厉风营督周晋，以其前败，弃守夏阳，故此也只授上尉衔。
定官分职之后，裴该便将陶侃、郭默二军帅尽皆召还长安，使就任司马与枢部掾——驻安定之前军，暂由军佐陆和统领，驻冯翊之后军，暂由军佐刘夜堂统领。这是为了避免将领军阀化，尤其陶、郭二人皆非裴该原从——并不是说若非原从班底必信不过，问题那二位成名都在裴该守徐之前，不但威名素著，易为军民所拥戴，而且本来就有军阀化的倾向；不似原从诸将，多为白身从军，根基较浅，抑且在进入关中之前，一直接受裴该垂直领导，“兵为将有”的观念也要相对淡薄一些。
可是裴该没有想到，陶士行竟然抱子而归！
陶侃本籍鄱阳郡枭阳县，后来徙居庐江郡寻阳县，其父陶丹，为东吴的扬武将军，其兄陶操，按照当时的惯例，长时间在武昌为质，这二位入晋后皆未出仕。因而陶氏贫寒，陶侃本人是从寻阳县中小吏起家的，适逢乱世，遂得乘时而起，青云直上。他娶妻龚氏，生育数子，后来富贵了纳妾、拥婢，又生数子，加起来竟有九人之多——据说女儿数量更多！
陶侃当日是孤身跑来徐州履任的，把妻妾、子女全都留在了江东。据裴该所知，其长子陶洪曾为司马睿掾，早卒，次子陶瞻娶周访之女为妻，如今在周访军中为参军事，其下活着的尚有五子，多在郡县任小吏。其妻龚氏，则是在陶侃北渡后不久去世的。
所以陶士行孤零零一个人北渡，后来又孤零零一个人追随裴该，杀入关中，等到局势略微稳定一些，自然难免“寡人有疾”，即在驻大荔时，又择当地士人之女，纳了两房妾室。然而裴该想不到的是，以陶侃的年龄——本年论虚岁已六十整了——竟然还能使妾室有身，并且真的又生下了一个儿子来！
这老家伙体格还真好啊！我是不是也要学着他每天早上起来搬砖呢……
陶侃新诞之子，排行第十，起名为“胡奴”——这是因为儿子降生的时候，老爹正在率军抵御胡寇，因此才起了这么一个“恶名”。他若不提儿子之名，还则罢了，一提“胡奴”二字，裴该不禁恍然——敢情是那小子啊！
《世说新语》中记载过这个“陶胡奴”（陶范）的轶事，一则说袁宏做《东征赋》，却偏偏不提陶侃，胡奴就把他引诱到偏狭的小屋里，以白刃相加，逼他把老爹的事迹给添加进去；二则说王胡之困窘于东山，胡奴时为乌程令，派人送了一船米给他，王胡之坚决不受，说我要缺吃的就去问谢家要了，干嘛要你陶家的米啊？
这说明了陶氏寒门庶族，即便陶侃在东晋官至侍中、太尉，都督八州诸军事，封长沙郡公，照样被袁、王等豪门瞧不起。不过历史已被改变，如今的世族排序、升降名次，都操于裴该之手，鄱阳陶位列第五十二名——其实本来想拉到三十名以内的，陶侃坚辞不受——也算是中上等门户了。即便一时难以服众，时间一长，自然习惯成自然，相信胡奴长大之后，不会再遭人白眼吧——起码遭不到琅琊王姓的白眼。
裴该因而问陶侃：“君诸子在南，无所展布，何不召入关中，受我幕府之职啊？”
陶侃推辞道：“犬子唯道真（陶瞻）勉强可用，然而见在周士达幕中，不便相召；余皆碌碌，怎敢滥竽充数，忝受大司马之禄呢？”
其实他原本是计划着叫一两个儿子北上的，目的不是为了出仕，也不是为了照顾自身起居，而是打算押给裴该做人质。裴该反复打散、整编各营，本是为了避免部属军阀化倾向，但无论甄随还是陶侃，因其时代的局限性，全都理解不了，还以为是大司马担心权柄下移，故而多疑多忌，信不过咱们……
陶侃初为王敦所排挤，被迫渡江之时，还颓丧地认定自己前途基本上算是完了，他可没想到，以徐、兖之兵，积聚短短数年之后，便可直取洛阳，克复中原。所以原本只想着在下邳内史的职务上随便呆两年，然后我就辞职回乡下老家去——终究五十多岁啦，去日无多，何必再辛苦奔波呢？
谁成想一口气就杀到了关中来，并且逐渐站稳了脚跟，裴该还授以重任，使为幕府司马，实统大司马后军。陶士行的雄心壮志，就此重又泛起，心说廉颇老尚能饭，王翦白发灭楚，赵充国年逾七十，尚能为国守边，我身子骨那么好，说不定还能有七八年甚至十来年可蹦跶呢；且就时局而论，我之事业，当在中原，估计短时间内是回不去老家了。
既然如此，不如召一二子前来，任质于大司马，使他可以放心吧。
原本是这么计划的，但还没来得及写信叫儿子，新妾便又诞育一子。陶侃心说妥了，我就把这个小儿子养在长安城中，充作人质，大司马乃可释疑也。
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