与此同时，皇帝司马遹下旨调裴嶷等一干官员到扬州刺史和郡守，经此战乱扬州各地官员缺口甚多，不少县令和郡守在战乱中被杀。这次朝廷共抽调了数百名官员到扬州填补空缺，有了行政官员的支持，被收复的州郡很快就走上正轨。
在这场战乱当中，最惨的还是原本在江东势力强大的世家大族。一部分世家在王敦整顿期间被抄家灭族，剩下的或在战乱当中毁于战火，又或因参与到叛乱中被朝廷清算。凡参与叛乱的世家都逃不出灭顶之灾的结局，他们的族人被杀家产被没收族人尽数配边州。
如此算下来江东整个世家体系真的是损失惨重，就是张、顾、陆、周等顶级世家也在此战中一蹶不振。不过这样一来，也不是没有好处，随着大多数世家家破人亡，导致江东多了许多无主之地。
因此当裴嶷等人抵达扬州之后，看到的是一个满目疮痍、权力真空的江东，恰好如此也大大减少了裴嶷等人治理江东的难度。裴嶷等人一到任就开始丈量土地、编户人口、整顿治安，很快就安定了扬州各地。
在裴嶷等人在后方整顿地方的时候，西路祖约统领益、凉两州的厢军、府兵从江陵出发一路攻陷了荆南四郡，兵分四路直指宁、交、广三州。一路自桂阳郡南下直取始兴、临贺两郡，然后再东进南海郡与陆战队会师；一路自益州牂柯郡西进直取宁州。一路横扫建宁、云南、兴古、永昌四郡；一路自益州毋敛南下直取郁林、桂林两郡，扫平两地之后大军则直下交州合浦郡；最后一路则直取始安、苍梧两郡，后一路南下直奔海边边郡——高凉郡。
随着朝廷大军势如破竹般的平叛，江东各地将领随即变得惶恐不安，不少将领早就闹翻了天，司马睿以及王导一派的将领因为早就得知自家恩主投靠了北地，因此他们倒一心想要归顺朝廷。
但仍有不少世家余孽为了保持自家权势不减，仍然坚持在交州等地对抗朝廷，这部分势力依旧得到了不少交州世家的支持。
正当世家余孽在密谋之时，朝廷大军突然雷霆一击四路兵马迅将交州分成几块，而一直纠缠于内争的江东世家在失了先手的情况下只好各自为战。团结一致的江东还不是朝廷的对手，更何况眼下混乱不堪交州，结果还未交手交州各地兵马纷纷举手投降，世家组织的大军瞬间就崩溃了。
交州大军失败之后，各地郡守、县令纷纷交出自己的军队和印信等待朝廷的接受，到了十月十五日，当江东最后一支军队向厢军投降的之后，至此整个江东完全归属朝廷治下，华夏再次重归一统！
当江东平定的消息传回北地时，皇帝司马遹终于松了一口气了，至此他才是完成了大晋复兴的目标。整个朝廷上下顿时变得喜气洋洋，每个人脸上都露出胜利的笑容。随着江东覆亡，北地不少人都长出了一口气。尽管司马遹没有江东放在眼里，但仍有不少官员士子把江东看做朝廷最大的威胁！
而已经到了洛阳的司马睿、王导等人在听到捷报之后却暗中叹了一口气。尤其是当王导得知王敦自杀的消息时，整个人顿时泪如雨下，就是和对方不对付的司马睿也心有戚戚。
曾经显赫一时的江东割据势力终于烟消云散了，曾经游离于大晋数十年的江东终于真正的回归朝廷怀抱，接下来重归一统的华夏又该迎来怎样的挑战？大晋真正的盛世是否就要来临？
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