“哈哈哈，大将军这是说得什么话，不管怎么说我们都是出身世家大族，与北地司马遹乃是不共戴天之敌。一旦真让北地进入了江东，那我们世家的好日子可就真的要到头了，因此我们应该摒弃前嫌，共同协作来全面阻止晋王的计划。”
王敦闻言沉默了下来，沈充也不着急，他知道王敦正在权衡利弊。经过一番仔细思索，王敦决定与江东士族合作。不管怎么样，王敦都无法接受司马遹统治江东，他对司马遹的成见很深，当初北地清算中原世家的时候，他的不少朋友都被司马遹毫不犹豫的砍了脑袋。如今天下世家的地位之所以急剧下降，和北地司马遹一直奉行的打压政策离不开。
“那我们应该怎么做？”
“很简单，将军只需如此这般，这般如此！”
“好，一言为定！”
洪武十二年，九月底，王敦以‘清君侧’为名正式举兵向吴郡前进。江东本地士族沈充亦在吴兴郡举兵响应王敦。司马睿对王敦的行为十分愤怒，于是决意与对方决战，要亲率大军与王敦对抗，并召命王导、刘隗和戴渊回建康准备防卫王敦的进攻，又下令斩杀王敦就可封为五千户侯。
王敦同时呼唤荆州刺史温羡，请他一同进攻，温羡原本答应了下来但到最后却没有领兵前来，反而派了一名参军前往建康谏止王敦。这让王敦大惊，他以为温羡要倒向司马睿一方，最后他只好亲自给温羡写了一封信并以公爵之位请求对方支持，但温羡早就接受了王导的劝说，因此他对王敦的立场犹豫不决。
王敦又书信其堂弟王导请他承任军司，企图拉拢对方，但被王导毫不犹豫的拒绝。为了避免刀兵之祸，王导反而派心腹到建康劝王敦赶紧息兵并向晋王请罪。
虽然王导多番规劝，但王敦仍然在江东士族的支持下自持强兵而固执己见。随后王敦让沈充率军二万从吴兴郡东进攻击吴郡重镇嘉兴，因嘉兴城城池不稳固而又缺乏军需储备，众人都十分恐惧，嘉兴城中传闻叛军已到，众人大惊而离散。
王敦起兵叛乱的消息传来之后，晋王司马睿是既怒又怕。一方面他既恼怒王敦目无尊上的举动，另一方面他又害怕王敦攻破了吴县之后秋后算账。虽然有人建议他将吴县内的王家人全都诛杀以报复王敦，但司马睿思前想后还是拒绝了对方的建议。
为了抵抗王敦，司马睿只要任王导为前锋大都督，戴渊为骠骑将军、都督吴县诸军事。同时又命王廙劝止王敦，但王敦不听，更留下王廙自行任用。王敦逼近吴县时，司马睿亲自领军在城郊准备迎战。
王敦在郊外打败了司马睿的大军，然后兵临吴县城下，还没等司马睿重新布置吴县的防守，就被城内的江东士族给打开了城门向王敦投降。王敦因而顺利占据了吴县城。司马睿在王导的保护下狼狈向东逃亡。
王敦拿下了吴县之后志得意满，没有在第一时间去追捕司马睿，结果让对方顺利逃走。而王敦在吴县则放纵士卒四处抢掠，导致当地大乱，官员逃走，更是激化了他与江东本地士族的关系，毕竟吴郡吴县乃是江东本地士族的根基所在，王敦作孽吴县只能损失江东本地士族的力量。
先不说江东愈演愈烈的叛乱，单说司马睿与王导逃到海边之后，‘恰恰’被游弋在吴郡东边海域的大晋皇家海军截获。
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