正月二十日，李肇领的陆战队三千，与土著主力一万五千人，交战于琉球岛上一处山谷中，经过一番紧张战斗后，土著大军不支，随后向密林深处退却。李肇因对此地地理不熟，故而没有让大军追击。
此后几日内，李肇命人在琉球北部选一天然港口（今基隆港）准备扩建为海军基地，而土著一方虽然没有发动大的攻击，但仍有不少于两千人的土著在骚扰着李肇大军，土著占有地利，晋军一时也是难以突破。
正月二十五日，又有六千厢军将士乘战船在基隆港登陆，随大军一同到的还有各种物资，有了增援之后，李肇立即发动了新的攻势。两日之后，大军大破土著斩首千余，俘虏部下五千人。
凭借此战，晋军算是在琉球站稳了脚跟，一部分小部落开始脱离岛上的军事联盟而投靠了大晋一方。身为前敌将领，李肇也认为到了该释放朝廷恩惠的时候了，因此趁着有部落来投，他迅速将对方树立为典型并加大宣传力度，争取不战而屈人之兵！
二十八日，大军攻破乌山，杀头领阿美并俘老幼妇孺近两千口。至此琉球岛本土势力遭到沉重打击！大晋经略琉球的计划取得初步成功，剩余的土著要么远遁原始森林躲避晋军的追杀，要么只能投靠大晋一方。
在解决了土著的主力后，李肇将主要精力放在了港口建设上，而剿匪则交给了厢军负责。很快在厢军的打击下，琉球另外一个大部落也投降了，随着当地最大的两大部落投降，没过多久又有七个部落归降。
二月初一，晋军攻克纳兰，纳兰等四部落归降。
二月十一日，瓦尼部落不降，被大军攻破，酋长被杀……
至二月底，琉球当地土著部落不是不战而降就是战败被杀，至此，流求被全部平定！
此时归顺朝廷的土著共有十万余人，有了这些劳动力大大加快了港口的建设速度。但仍然有不到千人的残兵败将躲到密林深处与大晋对抗。不过这已经影响不到大局，琉球正式成为大晋版图中的一部分。
在这片新征服的土地上，司马遹下旨设琉球郡，调一部分官吏补充到此地任职，并在基隆港设立琉球都督府暂时由李肇兼任琉球都督，负责指挥琉球当地所有军事力量。在征服了琉球后，司马遹命内阁开始着手往该地迁移民众。
预计三年后，加上归化的土著和移民，争取让琉球人口达到二十万左右，有了充足的人口，朝廷才能有效地开发琉球大岛。
为了教化岛上的土著，郡守府一上任就着手建立学堂，并招收当地土著少年数百人入学学习汉家文化。郡守府甚至向当地人承诺，如果他们愿意还可以到大陆学习并参加朝廷举行的科考！
与此同时，大晋先进的生产技术也开始传入琉球，极大促进了当地的经济发展！
征服了琉球群岛后，大晋海军算是控制住了大陆至日本群岛之间的海域，夺取这些“弹丸小岛”，可以使占据技术优势的大晋海军以琉球岛屿为跳板，从南边对江东形成战略包围，为大晋以后渡江平定江东割据势力打下伏笔。
在大晋海军忙着征服南方的琉球群岛时，北方朝鲜半岛的局势进一步恶化，为此司马遹不得不召开内阁会议对此展开讨论！
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