刘三吾并没有在试卷上做什么手脚，举子们的考试成绩都是真实的，南方的举子确实考得都比北方举子好。朱元璋也知道刘三吾一向刚正，不是会因私枉法的人，他相信刘三吾对考生成绩的判断，但是为了平息北方举子的愤怒情绪，朱元璋要求刘三吾从北方的举子中挑选几个来一并上榜。
不料刘三吾这次真是倔过了头，这个老夫子认为自己的评判是公正无私的，毫无错处，所以他拒绝更改考试成绩，使成绩本来较差的北方举子上榜。朱元璋听了大发雷霆，认为刘三吾实在不通时务，气得把刘三吾赶了出去。他还把其他的几位考官都撤了职。北方举子听说了这个消息都大声欢呼，要求皇帝为他们主持公道。
不久之后，朱元璋再次派其他官员去重新审定这次考试的成绩。可是当他听取复审报告时，却发现真有几个不怕死的大臣，这些正直的学究们却仍然坚持北方举子的考卷确实不如南方举子的。他们最后的结论竟然和原来的主考官刘三吾的结论一模一样。这下朱元璋勃然大怒，他指责官员们互相包庇，有意蒙蔽自己，一气之下把这些官员都革职下狱，严加拷问。结果这件事情越做越过火了。这些无辜的官员最后定罪时竟然与十几年前发生的胡惟庸结党营私、秘密谋反案联系在一起，全部被处以死刑。
后来，朱元璋亲自主持，重新举办了一次考试。这次的考试结果与前一次截然相反，入选的六十一名举子全部都是北方人，一个出身南方的都没有。看来朱元璋为了平息北方人的不平情绪，从一个极端走向了另一个极端。从此以后，为了避免这样的事件再次发生，朱元璋立下规矩，此后的科举考试，南北分卷考试，按南方百分之六十、北方百分之四十的标准取士，以求通过这种方法来命名南北方人士的官员数目大致相同。因此，此后的科举考试便不单以成绩取士了，而是加入了地区的因素，并且形成了一种约定俗成的制度。
但是这种制度并没有太长的时间，随着满清入侵的战争和朝廷南迁，谁还有精力去搞什么南北榜，再说北方土地大多沦丧敌手，前来应考的举子本身就少，何苦再开两个卷子呢，而且今年的会试不同于往年，乃是一次特殊召开的恩科，皇上大婚亲政，开恩科取士，再加上北伐山东的战役大获成功，满清暂时偃旗息鼓，上表请和，对偷偷从北方南下考试的举子们也是睁一支眼闭一支眼，导致这次考试中来自北方的考生人数相当多，北方考生长期处于异族的高压统治之下，对于诗书自然有些荒废，成绩大面积低于南方考生也是情理之中，但是没有一个人进榜就确实有点匪夷所思了，那些北方考生都是心怀故国的热血男儿，如果搞出这样一个一边倒的榜单，恐怕会让大部分的北方人寒心，令收复北方故土的计划受到一定影响。
南北榜旧事，孤陋寡闻的小皇上自然不知道，可是大臣们却都清楚得很，这些原先南京六部出身的官员本来就和北京南下的官员们不对付，现在摊上这样的事情，自然不会坐视北方官员体系增加新鲜力量，所以大家心照不宣的不提南北榜旧事，北方官员们上的折子也都被内阁压了下去。
可怜的朱由校知道还有老祖宗发明的南北榜解决办法，居然还是从刘子光这里听说，听镇武伯娓娓道来其中的平衡关系之后，小皇帝沉思了片刻道：“既如此，重开南北榜便是。
“陛下圣明，但臣以为，还有更好的办法解决此事。”刘子光胸有成竹的说。
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