更糟糕的是，自从北京失陷之后，持续二百年的漕运就自动废止了，结果把持运河的漕帮也随之破产，犹如崇祯初年裁撤天下驿卒一般，瞬间就在江南江北制造出了几十万失业的精壮汉子，偏偏这些人因为长期从事运输业的缘故，还拥有较高的组织性和明确的指挥体系，只要稍加训练，就是一支反乱大军！
之前，江北的漕帮就已经大半投了闻香教妖人，给讨贼官军制造了无数的麻烦。而江南的漕帮先是积极投身犯罪行业，使得江南地区的治安情况急速恶化，到现在又成了历次抢米骚乱的重要领导团体，弄得各府各县都是乱民遍地，眼看着昔日那场席卷陕西的流寇之乱，似乎就要在江南水乡再次上演！
无奈之下，身心都承受着巨大压力的周延儒首辅，只得下了狠心，暂时不顾长江上游方向的防务，调动南京朝廷名下唯一还算能打的机动野战部队——南京兵部尚书吕维祺带着从扬州战场上撤下来的一万多“精兵”，火速开拔赶赴苏州、松江等地进行平乱。同时又命令困守衢州的浙江巡抚放弃浙西山区，率领残余浙兵赶往南直隶参与平乱。在一番极为血腥的杀戮之后，焦头烂额的南京小朝廷，总算是暂时把这些还没来得及成气候的乱党给镇压了下去，但也对这些地区的经济民生，造成了更加巨大的破坏。
毕竟，“贼来如梳，兵来如篦，官来如剃”的说法，在明末可不是什么夸张的虚言！
——五月中旬，松江府上海县爆发抢米民变，打死举人、秀才及退休官宦十余人，县令火速调遣衙役、团练，筹齐八百余人，持刀棍入城弹压乱民，混战中烧毁民房逾二千间，死者不计其数。
——五月下旬，浙江海宁卫欠饷兵变，乱军驱逐杭嘉湖参将及本卫指挥使，大掠海盐、海宁数县乡镇，又勾结杭州髡贼，以为逆乱之外援。时值南直隶大乱，官军无力进讨，遂退守嘉兴府城。
六月初，浙江巡抚率浙兵三千余人，会同浙北乡勇团练万余人，往剿海宁卫乱兵。数番接战之后，乱兵溃散，贼首阵亡，余部逃窜海滨，巡抚亲率官军乘胜追击，不料髡贼兵舰竟然进抵海盐县港口，发排炮轰击官军阵势，又遣精锐登陆逆袭。官军遂大溃，浙江巡抚中炮身亡，残余浙兵辗转撤往南京。
——六月末，常州乡民武力抗税，当地官府弹压不力，朝廷遂遣京营往讨，杀贼三千余人方才平定。
——七月初，太仓州漕帮首领陈某，裹挟奸民数万起事，驱逐昆山县令，盘踞昆山县城谋反。苏州、松江二府于七月末发兵联合会剿，全军覆没。贼兵反倒又破嘉定，杀嘉定县令后大掠而归，凶焰日炽。
八月初三，兵部尚书吕维祺誓师出征昆山，率留都京营及浙兵、乡勇、团练、卫所兵三万，合围昆山县城，以红衣大炮轰城，强攻十日后破城，贼首陈氏于乱中潜逃，不知所终。事后，官军于昆山县城纵兵大掠，斩首九千，吕维祺下令于东门外筑京观，以炫耀武功，震慑奸民……
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