三天之后，在朱由检的大力推动下，“秦川学院”在秦王庄成立了。与小学不同的是，这座学院没有固定的校舍，课堂就设在最热闹的街市上；也没有固定的学生，谁愿意听课就可以随便听；更没有像这个时代的私塾、书院一样收取任何费用。
而最让老百姓感到好奇的，则是两位授课的教师，因为他们均是高鼻深目、卷发白肤的番邦人。但是这两人汉语说得极为流利，又有深受百姓爱戴的秦王亲自出席第一堂课，这个热闹谁不想看，因此他们刚一出现在街头，就被围了个里三层外三层。
第一堂课是世界地理，由汤若望主讲。汤若望便在用作黑板的木架子上铺开一张世界地图，先从“地球是圆的”讲起，再介绍五大洲、四大洋，最后讲到中国在世界上的位置，以及中国周围有哪些国家。
大多数老百姓听得目瞪口呆，以为是荒诞不经之谈。因为自古以来，中国人就相信“天圆地方”，中国位于大地的正中央。如今这洋人却说世上之人都住在一个大圆球上，那圆球另一面的人岂非要大头朝下、掉将下去？
只有郑森等出过海的水手，因为有过亲身体验，才对“地球”这个概念恍然大悟。其中更有些到过南洋的，汤若望所言诸如安南、真腊、暹罗、占城、苏门答腊、爪哇、三佛齐、渤泥国等地，他们都亲身去过。此时再从地图上印证，方知中国并非“中土”，而只是更广阔世界的一部分罢了。
见听课的百姓大多不信，汤若望不禁有些沮丧。朱由检为了给他打气，也为了竖立“秦川学院”在百姓中的威信，便亲自上阵，举着教鞭讲道：“各位父老，汤若望先生所言字字属实。本王以后会造很多大船，只要你们有人感兴趣，愿意乘船出海去看这个世界，你们终会到达地图上的这些地方。而且这张地图还并不完备，仍有许多未知和空白之处，等着人去填补。本王希望这个人是我们大明人，而不是番邦人。你们谁有这样的志向？”
秦王庄的百姓对朱由检早就奉若神明，他一发话，不管能不能理解得了，全都轰然应诺。不过朱由检看得出来，大多数人对外面的世界并不关心，他们关心的还是身边的人和事。只有少数年轻后生，被这个新鲜的世界和朱由检的话语所打动，脸上露出了专注和向往的神情。
这一点倒也在朱由检的意料之中，因为从蒙昧到文明之间的这个“启蒙”阶段是最难的，心急吃不了热豆腐。哪怕现在一百个人里只有一个人能受到启发，开始思考自己的生活小圈子以外的事情，他也就算成功了。
第二堂课是世界历史，由马尔蒂尼主讲。朱由检正想听听他如何讲这么大的题目，却见马尔蒂尼在木架子上摊开一幅画作。众人见了纷纷惊呼道：“这不是秦王千岁么？”
朱由检一看，也对马尔蒂尼大为敬佩。原来这竟是一幅油画，画上之人就是自己。只见自己正手握佩剑，骑在奋蹄疾驰的骏马上，似是在参加一场激烈的战斗，神态栩栩如生。
因为中国的国画是以写意为主，老百姓们从未见过能画得与真人一模一样的油画，此时皆是交口称赞，艳羡不已。
这时马尔蒂尼才从油画讲起，逐渐讲到文艺复兴“三杰”达芬奇、米开朗琪罗和拉斐尔，又巧妙地转到了古罗马历史。这可比汤若望的讲法高明多了，听众们听得如痴如醉，直到正午时分仍不肯散去。
朱由检见学院顺利地开了课，两位传教士很快进入角色，这才悄悄地退出人群。在他的计划中，秦王庄小学只是教会人们识字和简单的加减乘除，满足日常生活的需要；而这所秦川学院则要承担起相当于前世的中学和大学的责任，为中国培养一批掌握现代科技文化知识的人才。
在这座学院里，世界地理和世界历史只是最基础的，今后还要开设数学、天文、物理、生物、葡萄牙语、英语、建筑等课程。这些课程就不是谁都有兴趣、谁都能学得会的了，所以朱由检才不设专门的教室，而在最热闹的街市上公开授课，以期能在更广阔的范围内选拔人才。
当然，朱由检也组织了一批“必修”的学生，这里面就包括郑森和他的水手们，以及一些黄海商帮的伙计。原因也很简单，朱由检需要他们尽快学会葡萄牙语，在自己和葡萄牙公爵若昂会面以后，尽快与葡萄牙人开展贸易，甚至是在葡萄牙人的协助下建立海军。
当秦川学院大张旗鼓地在城内公开授课时，“秦兵军事学院”也于同日秘密地成立了。校长由戚美凤担任，这也是朱由检早就答应她的。
第一批学员是一团副连级以上军官，他们已经从鄜州返回了秦王庄。这些军官都参加过实战，本身有一定军事素质，但缺点也同样很突出：文化水平较低，打仗多凭着经验与勇敢，熟悉的兵种与装备较为单一，并且没有碰上过真正的强敌。
像这种水平，对付同样半吊子的流贼问题不大，偷袭蒙古人也还凑合，可要对付战斗力强悍、组织严密的后金军，恐怕就凶多吉少了，更不要说像荷兰人和西班牙人这样的“现代化”军队。
所以朱由检交给自己的令妃戚美凤的任务也很重。首先要让学员们系统地学习古今中外的军事著作，尤其是《孙子兵法》、《武备志》与《纪效新书》，并且讲解古今中外著名的战例。
其次要让他们每个人都熟悉秦兵的所有兵种，就算他现在不是那个营的，也要有足够的了解。这一是为了让军官们成为多面手，以便在军官空缺时可以有人随时顶上；二是为了增强各兵种之间的协同作战能力。
再者就是向他们详细讲解女真人和倭寇的作战特点，这一点戚美凤比谁都有发言权。学习内容还包括军事地理，也就是辽东、登莱等地的地形，因为秦兵迟早都要走上这个战场。
而军事学院的重点课程就是兵棋推演，也就是大家集体探讨在某一战场、某种情况下，如何与后金作战。
第一次兵棋推演，朱由检亲自参加，推演的内容就是假设后金现在又一次大举进犯。众军官讨论的气氛十分热烈，不过多是拘泥于宁远、锦州一带的攻防战。朱由检便趁机说出了自己最大的担心：“如果本王是贼酋皇太极，仅以少量兵力做为疑兵佯攻宁锦，主力部队却绕道蒙古草原，翻越燕山直扑京师，诸位如何应对？”
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