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在明太祖朱元璋亲自为新上任的官员编写的《到任须知》中，规定新官上任第一项任务是弄清“祀神若干？”并祭拜天地，为当地百姓祈求风调雨顺。
正所谓国之大事，在祀在戎。春祈秋报二次祭祀向来被视作头等大事，把这项任务放在到任的首位可以理解。
新官的第二项任务是：视察慰问养济院孤老。历朝多以孝治国，因此祭拜完天地，就要慰问老者，这也是符合历代的治国理念的。
值得一提的是，朱元璋规定新官到任后的第三项任务，是要视察狱囚。
换而言之，司法刑狱之事，被放到了所有政务的前面。
在朱元璋看来，刑狱者死生所系，实为重事，故报祀神之次即须报知。本衙门见禁罪囚议拟已完若干？见问若干？其议拟已完者，虽系前官之事亦宜详审决放，见问者到任尤宜究心。中间要知入禁年月久近、事体重轻。何者事证明白？何者取法涉疑？明白者即须归结，涉疑者更宜详审，期在事理狱平，不致冤抑。
生命是无价的，一但错判人生死，再多的物质补偿也难以弥补。
朱元璋这个农民出身的皇帝，非常清楚刑狱的重要性，以民为本的思想深植于朱玩璋的心目中。
不可否认，朱元璋非常狠，在位期间，把朝堂上的高官显贵几乎屠戮一空，但他对下层百姓，却是真的好，比以往任何一个皇帝都好。
只是出于时代的局限，他虽然重视司法刑狱，但想出的办法却仍是治标不治本。
不管他再怎么重视，司法审判权撑握在行政官员手上，而行政官员是层层管辖，下级对上级负责，上级对下级加以控制，在具体的司法审判中，没有相应独立的审判权力，受到行政上的强力掣肘。
打个比方，一个官员为了完成修水利的任务，便可以随意侵吞百姓的田地、拆毁百姓的方子，而且干得“大义凛然”，完全不用担心触犯法律。
有可什么可担心的呢，司法审判权就在他们手上呢。
总之，司法审判不能独立出来，牵扯到了太多的现实利益，不管你再怎么重视，也不可能让司法变得公正，变得清明。
秦牧把司法审判权从行政体系中独立出来，并规定上级司法部门也不得随意干涉下级司法部门的司法审判过程。目的就是为了保持司法的独立性。
为此，他可谓是处心积虑，费尽了心思，甚至不惜主动限制皇帝的权力。
在这方面，杨慎考虑得也非常多，他对秦牧说道：“陛下，司法要独立于行政与立法之外，这是保证司法公正的必要手段。但诚如陛下所言，除了司法的中立性与独立性之外，还有专业性。
陛下之前对医院、以及县丞、同知等各级司法官员培训，也正是为了保障其专业性。但在臣看来，这远远不够。
司法一但从行政系统完全分离出来，其专业性就将显得更为重要。现在的司法权力与行政权捆绑，很多东西可以用行政命令掩盖。一但司法从行政中分离出来，它不但不能再得到行政权的掩饰，而且司法部门的判决若不够专业精准，立即就会遭到行政、立法、监察等体系的官员的质疑，同时也难以服众。
所以，在没有一支专业的司法队伍之前，贸然把司法与行政分离，恐怕事情会适得其反，与陛下期望的结果大相径庭。”
杨慎的话很好理解，司法与行政捆绑时，司法公不公正可以用行政需要来掩饰，大家也不会觉得有什么不对，纵有违背法律的行为，也可以托其名为国家需要。
一但分离出来，就不能找什么国家需要的借口了，一切按法律来办事，国家需要你也不能随意侵害普通百姓的权益，法律就是法律，它不再是行政的附属品。
相反，司法会对行政形成强大的制约力，那么，行政体系也不可能会给司法体系提供“掩护”，而且会尽可能的质疑司法，以尽可能的消除司法对行政的制约力。
要经得起各方质疑，司法体系本身就要足够专业，让人挑不出毛病来才行。
秦牧问道：“对此，杨卿有何建议？”
杨慎拱手为礼答道：“陛下，之前的法医培训，以及对地方上的司法官员的培训，都只是临时的，司法要独立出来，要有一支专业性很高的司法官员队伍，那么，臣以为，必须制定一个长效的机制，长期培训司法官员，而不能使用这先前这种突击式的、临时性的方式来被动应对。
臣建议，仿照外交部的外交学院，成立一个司法学院，专门用来培训司法方面的人才，并制定相应的人才提拔任用机制，确保司法官员的专业性和自身的人格品质。”
这一点，秦牧想也没有多想，就说道：“此事既然由杨卿提出，而杨卿又精通律法，掌管着大理寺，这个司法学院就交由杨卿来筹办吧，需要什么，朕会尽量满足杨卿，朕希望看到，司法学院能尽快办起来，并能培教导出一批批出色的司法人才。”
杨慎也没有多推辞，当即起身答道：“臣遵旨。”
杨慎离开后，秦牧又独自思索了许久，现在他所有的精力都放到了这件事上，此事关系重大，是他所有改革的核心。没有独立的、完善的司法体系，就没法对各级官员加以有效监督，也就无法长期保持政治清明。
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