开篇的直升机编队大战无齿翼龙剧情来自于《侏罗纪公园》第一部结尾埋下的伏笔，历经磨难的主角们乘坐直升机离开时，由于恐龙岛上的基础设施严重损坏，一群无齿翼龙逃脱牢笼，飞往岛外的世界。续集的时间线与现实并行，设置在恐龙岛事件三年之后。
三年时间，这些在现代社会天空中完全没有天敌的远古生物迅速繁衍，并且引起越来越多的注意，世界各地都出现诸如各种水怪传说一样的奇闻报道。
关于恐龙复活的消息也开始频繁地夹杂在这些报道当中。
直到续集开场，一群无齿翼龙袭击了夏威夷的一座小镇，造成严重伤亡，事情才彻底无法隐瞒，全球各国民众都走上街头要求政府公开真相，还有动物保护组织在报道公开后指责美军对无齿翼龙的屠杀。
舆论喧嚷纷纷。
大银幕上，开篇的现代科技与远古生物大战迅速将观众引入剧情，正式片头开始，伴随着主创人员字幕，通过电视播报和报纸特写等方式，大概介绍了无齿翼龙袭击事件之前三年时间关于恐龙复活的各种新闻。
正片开始于美国国会的一次非公开听证会。
接受国会质询的是恐龙岛的主人约翰·哈蒙德博士，主要向一干议员解释恐龙岛的来龙去脉。
这次听证会正是无齿翼龙袭击事件的延续。
经过调查，联邦当局已经掌握了恐龙岛存在的真相，只是对于如何处理这些被复活的远古生物出现了严重的分歧。
有人认为应该彻底摧毁，因为担心这些远古巨兽会如同侵入澳大利亚的兔子那样严重破坏地球生态，短短三年时间已经在全球各地繁衍生息的无齿翼龙就是最好的证明。还有人觉得应该保留，这不仅是人类科技创造的奇迹，复活之后的远古生物还能够给人类社会的方方面面带来积极影响。
当然，普通人注意不到的黑暗角落，还有人看到了巨大的商机。
听证会现场的镜头并不多，结束这次听证，哈蒙德博士与相熟的一位议员阿德里安·兰特瑞一起离开国会大厦，两人言语间的信息透露联邦政府对于恐龙岛的处理意见还没有彻底敲定，议员先生表示可以帮忙说项，前提是他必须亲自去恐龙岛对一些事情进行确认。
哈蒙德博士同意下来。
两人分别，哈蒙德上车之前被拦住，一位自称伯克逊集团代表的中年人表示希望能够买下恐龙岛，毫无意外地遭到拒绝。
恐龙岛是哈蒙德博士一生的心血，不可能轻易出售。
画面切换，镜头重新来到观众在第一部中已经相当熟悉的熟悉恐龙岛。
曾经的混乱已经被恢复。
简朴的铁皮板房内，打开的电视机里依旧在播放无齿翼龙袭击事件的消息，房间墙壁上则挂着各种恐龙照片和密密麻麻的相关资料，镜头游移，还出现了一张特别的结婚照，穿着西服婚纱的新婚夫妇坐在一头巨大的长颈龙背上，笑容灿烂，这是山姆·尼尔饰演的古生物学家艾伦·格兰特和蕾妮·罗素饰演的古植物学家埃莉·斯特勒。
三年时间，两人已经结婚，成为格兰特夫妇。
出于对个人职业的热爱，即使第一次恐龙岛经历差点丧命，得到哈蒙德博士的授权之后，两人还是选择重返恐龙岛，并且在岛上安家，开始对恐龙复活的生物学奇迹进行更深入研究。
镜头穿过板房来到外部庭院，格兰特夫妇和另外一位黑人中年的身影出现在镜头当中，一起出现的还有一头三角龙，让人意外的是，个头与一头成年大象的三角龙此时温顺地卧在草地上，还长着大嘴，很容易分辨出应该是医生的黑人中年正在为三角龙检查口腔，最后用大钳子扒出了一根长长的木刺。
三人的交谈间，观众知道，这头名叫托比的三角龙今年才只有三岁左右，三年前格兰特刚刚搬来时，意外遇到被食肉龙攻击后奄奄一息的托比，于是收养下来。格兰特夫妇的精心照料下，托比不但成功长大，还非常聪明，用艾伦·格兰特的话语来说，托比至少拥有5岁孩子的智商，此时已经成为格兰特家的一份子。
正聊着，一位恐龙岛的工作人员开着越野车出现，表示希望格兰特去接待一位议员，还简单介绍了一下对方的背景，提醒格兰特议员对于恐龙岛的前途至关重要。
格兰特博士答应下来，跟着工作人员一起离开，很快见到了不久前在华盛顿与哈蒙德博士交谈的那位阿德里安·兰特瑞议员。
以及。
最重要的，兰特瑞议员的三个孩子，16岁的康妮·兰特瑞，13岁的罗伯特·兰特瑞和11岁的韦恩·兰特瑞。
格兰特博士这才得知，自己要接待的，不是阿里德安·兰特瑞，而是眼前的三个孩子。
昨日重现啊。
好像记起了什么恐怖的往事，格兰特博士态度坚决地直摆手：“No，Children，No、No、No。”
神圣公民大礼堂内，伴随着格兰特博士一连串‘No、No、No’，观众都发出会心的笑声。
因为第一部《侏罗纪公园》的成功，这几乎是一个众所周知的梗。
首部曲里哈蒙德博士那位孙女莱克丝可谓电影里最招人讨厌的角色，几度在不该尖叫的时刻尖叫坏事，以至于影片上映后推出角色玩偶的时候，考虑到这个角色实在让观众反感，其他大部分主角配角都有自己的玩偶手办，丹妮莉丝娱乐周边部门唯独跳过了莱克丝。
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