李鸿章的担心果非多余。清廷早在将总理衙门和丁日昌关于海防的条陈交各位督抚详议的同时，就以左宗棠“留心洋务”，咨请他参加讨论。于是，围绕着“海防”还是“塞防”的问题，清廷中出现了两大阵营，各个政治势力重新组合。
“海防派”以李鸿章为中坚，除了沈葆桢、林义哲、丁日昌、李瀚章等支持者外，还有山西巡抚鲍源深、河南巡抚钱鼎铭，内廷中醇亲王奕擐及刑部尚书崇实、刑部左侍郎黄珏、御史余上华等也加入到这一阵营之中，一时声势颇壮。
而以左宗棠为中坚的“塞防派”，则有湖南巡抚王文韶、漕运总督文彬、山东巡抚丁宝桢、江苏巡抚吴元炳等的有力支持。这一派具代表性的理论是“东则海防，西则塞防，二者并重”。其实，从根本上说还是主张集中有限的人力财力，优先解决西北塞防问题，以收“西北无虞，东南自固”之功。
左宗棠针对李鸿章关于停撤西北塞防的主张进行了猛烈的攻击：
“……若此时即拟停兵节饷，自撤藩篱，则我退寸而寇进尺，不独陇右堪虑，即北路科布多、乌里雅苏台等处恐亦未能晏然，是停兵节饷于海防未必有益，于塞防则大有所妨。”
李鸿章针锋相对，指出：“新疆不复，于肢体之元气无伤（阿古柏占据新疆已经七八年了，现在除哈密、巴里坤一角仍在清军手中，新疆大部分地区先后被阿古柏势力侵占，但关陇地区并未受到骚扰，而且以阿古柏的那点军力，能占据全疆已是了大不起了，根本无力进犯关陇，是以李鸿章这么说其实没什么错，但在后世的愤青们看来，这妥妥的是卖国贼的言行），海疆不防，则腹心之患愈棘。孰重孰轻，必有能辨者。”主张停塞防之饷，“均做海防之饷。否则，只此财力，既备东南万里海疆，又备西北万里之运饷，有不穷困颠蹶者？”
话虽如此，李鸿章事实上也无意放弃新疆，他给出的解决办法是：一，停兵。建议朝廷停撤西北地区已经出塞及准备出塞的部队，令其“严守现有各边界，且屯且耕，不必急图进取”，停撤多余出来的饷银，则移作海防之用。二，经营。李鸿章的经营新疆的方略则是：“招抚伊犁、乌鲁木齐、喀什等回酋，准其自为部落，如云贵之苗瑶土司，越南、朝鲜之略奉正朔”，李鸿章认为，如此则既可以挫败英、俄兼并之心，中国也不必劳师远征，实为“经久之道”。
李鸿章建议将新疆经营成“如云贵之苗瑶土司，越南、朝鲜之略奉正朔”的观点，放置在1875年的中国，并没有什么问题。因为在这个时代，传统的“天下观”还远未被近代的“世界观”所取代，李鸿章语境里的“越南”、“朝鲜”，都不是近代意义上的主权国家，而是中国传统“天下观”里面的藩属，其将“越南”、“朝鲜”与中国本土的“云贵之苗瑶土司”相提并论，即可见一斑。换言之，李鸿章从来都没有说过要放弃新疆，他所提出的建议，建立在1875年清廷的“天下观”基础之上。这种“天下观”在后世看来貌似荒诞，但在当时，却是清廷所竭力恪守的正统意识形态。
晚清传统中国向近代中国艰难转型的过程，实际上也是晚清国人传统政治理念向近代政治理念转型的过程。李鸿章在海防与塞防之争中所持意见，正是这一转型过程中的产物。后世之国人体会不到当日观念转型期的混沌与茫然，而简单地痛斥李鸿章为“卖国贼”，痛快固然痛快，却也可悲亦复可叹。
比较起来，左宗棠的意见则不存在理解上的分歧。左宗棠因为主张“东则海防、西则塞防，二者并重”而在后世饱受赞誉，但事实上，李鸿章等所谓的“海防论者”也并不认为塞防不重要，其分歧不过是现有财力条件下，塞防与海防，谁该优先办理而已。与李鸿章认为海防危机更甚，应集中财力优先办理不同，在左宗棠看来，海防费用可以省去购船与雇船之费，因为福州船政局已经可以自己制造船舰，不必再动用西征的饷银；再者，即便不西征，画地而守，也不可能省出饷银供海防使用。而左宗棠为了强调新疆的重要性，不惜拿京师为题目，恫吓起朝廷来：
“重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以卫京师。西北臂指相连，形势完整，自无隙可乘。若新疆不固，非陕甘山西各边时虞侵轶，防不胜防，即直北关山，亦将无晏眠之日。”
左宗棠的“重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以卫京师”的神论一出，果然起到了他想要的效果。象大学士文祥这样的重臣，都不免为左宗棠的神论所影响。
如果说为了保京师而重视新疆的话，那么离京师更近的大海，是不是也更应该受到重视呢？
左宗棠——一个曾经是海防建设的积极倡导者和实践者，事实上却成了海防建设的最大反对者、阻碍者！
“此次海防筹议，他左季高若是不上折子反对，反倒是奇怪了。”李鸿章苦笑了一声，说道。
“其实，收复新疆，在他左季高来讲，并非极为难之事。”薛福成道，“可他却偏偏说得有如天塌下来一般，殊不可解。”
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