中国人占领了菲律宾，但并不意味着已经能够在菲律宾站稳脚跟了。
在美国人的长期占领殖民之下，许多的菲律宾人已被洗脑，甘愿充当美国人的帮凶，而当中国人来到之后，第一个“反抗”的正是这一些人。
暴动终于开始爆发了。
一个叫阿比塔那的菲律宾军前上校，于１９４０年１２月３０日，即中国军队占领菲律宾后没有多久，即带领本旅菲律宾人发生暴动。
伴随暴动而来的，是镇压！
坚决而彻底的镇压！
随即，中国政府任命孙连仲将军为驻菲律宾最高军事指挥官，负责对菲律宾暴动者的镇压！
暴动者的头目阿比塔那向中国人提出了各式各样无礼的要求，比如让菲律宾独立等等，但这都遭到了中国政府坚决的拒绝！
暴动者唯一要做的，就是放下他们手里的武器，无条件的向中国军队投降，除此之外，任何形式的要求中国政府都拒绝接受！
在中国政府面前，菲律宾人的任何理想和努力只能是一厢情愿之举。
在暴动刚发生之初，孙连仲曾经向南京方面请示：“政府是否要采取一切手段，使这些土著人臣服于我们的权威？”
大总统王恒岳当即毫不迟疑地答复道：“起义分子必须承认我们的权威；你们可以按照自己的主意，采取任何一种必要的手段以实现上述目的。”
有了这柄“尚方宝剑”，孙连仲等人心领神会，开始毫无顾忌的向菲律宾暴动者发起了大规模的军事剿灭作战......
中国海军封锁了菲律宾的海上交通，从而切断了菲律宾暴动者赖以生存的外援渠道。
不过让人头疼的是暴动者的游击作战。其实对于任何一个占领者来说，暴动者的游击作战总是让人头疼和沮丧的，无论占领者的国家国力有多么强盛，军队有多么的强大！
这些参与暴动的土著们，他们熟悉这里的地形，他们知道该在什么地方发起袭击，知道该从什么地方逃跑，而做为占领者来说，对着一切却完全是陌生的。
中国军队便日益陷入游击作战的泥潭之中，久久不能自拔。
１９４１年年初，孙连仲向南京政府方面作了如下报告：在整个列岛上的每一个岛上都有叛军。他们无疑地受到了当地居民的支持。换句话说，各城镇虽然名义上由中国占领和管理，但实际上却是叛军的基地，这不仅是从它们为游击队供应物资这个意义上来说的，而且也为游击队提供了避难之所。现在菲军的最高战术就是：受中国军队进逼时立即解散，避入附近城镇。这一点他们是很成功的，因为人民支持他们，又因为他们一旦混入居民中，谁也不知道他到底是游击队还是平民。
南京方面很快做出了回复。有了南京政府的支持，１９４１年１年１０月，孙连仲宣布实施“第００９号通令”，规定：
“战争应当以常现形式在身着军装的部队之间进行；但游击队不值得怜悯，应把他们送人集中营、流放或处死；如果指挥官出于‘军事上的需要’，可以采取一切必要手段实施‘报复’。”
与此同时，孙连仲为了弥补中国人在当地语言、习俗和地形方面的先天不足，大量招募亲华的菲律宾人，充当供之驱使的耳目。
到１９４１年２月，他已拥有６０００名菲律宾侦察兵和１０００名执行准军事任务的菲律宾警察。
在他亲手主持下，陆军成立了一个军事情报处，以增进对游击队活动方式的了解并及时传递情报数据。他还请求海军加强巡逻，千方百计地切断起义军在岛屿之间的通信联络和海外武器输入的途径。
２月中旬时候，孙连仲终于探到阿比塔那的行踪，立即派一名少校率领６００名士兵前往追捕，并责令他务必一网打尽，斩革除根。
得到情报，阿比塔那只好率总部人员匆匆转移。危急关头，他把掩护的重任交给了素所信赖的甘特拉少校。
战斗在腊子口打响。甘特拉率领６０名战士，死死地顶住了进攻，终于为总部的安全转移争取了时间。最后，菲军６０名战士全部被击毙，甘特拉亦在重伤后自杀......
国际社会也在抗议谴责中国军队在菲律宾的一切，但现在中国政府已经不必再顾忌什么了。
中国人已经向英国宣战，向法国宣战，向美国宣战，他们的抗议有谁会去理会呢？
所谓的抗议只是弱者的手段而已，无疑是隔靴挠痒，丝毫动摇不了中国人的信心和主张。任何阻止对菲战争的指望均化为乌有。
孙连仲看准了这一时机，立即开始实施更为强硬的政策。
在一次次残酷的围剿之后，暴动者的活动空间越来越狭小，处境也越来越困难。
阿比塔那率领他的指挥部东躲西藏，饥寒交迫，几无藏身之所，日有性命之忧。１９４１年３月，孙连仲手下的一名连长在几个菲律宾协助者的配合下，突施奇兵，里应外合，终于抓获了阿比塔那。
一个月后，心力交瘁的阿比塔那在孙连仲的百般威胁利诱下，被迫发表了一份声明，表示接受中国的统治并号召他的爱国同胞结束抵抗。
此举，标志着菲律宾人的有组织的抵抗结束了......
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